启动子与ATG之间的距离

goodboy

我想在组织特异性启动子A的作用下表达基因B，不知道启动子A与基因B的翻译起始位点ATG之间距离多少合适？

sj03572001

启动子与ATG之间的序列为5'非翻译区，楼主克隆B基因时，带上一段5'非翻译区序列即可，此外还要看你的启动子序列是否完整，是否已含有转录起始位点，如果启动子序列已经包含转录起始位点，那楼主所担心的问题就可以不考虑了

nfkappab

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* @' t$ R  ^( ]: V  y' ~启动子序列还是不带有ATG好一点吧，那样似乎会影响到目的蛋白表达。至于lz关于距离的问题，我认为在几十到几百bp之间的距离比较适当。太近了有可能你的转录因子结合启动子时会干扰到ATG起始位点，太远了的话有可能转录起始复合物难以启动转录。

sj03572001

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7 ^: Z% j! s  W5 C. i8 H( `7 E貌似你把转录起始位点与翻译起始位点混为一谈了，启动子当然不包括翻译起始位点，但转录起始位点作为核心启动子的重要组成部分，当然可以包括在内了

nfkappab

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嗯，是我搞错了，接受批评。
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我又去看了一下转录起始位点，如果没有这个位点的话lz就只能把很长的5'UTR都带上，我觉得这不明智啊。

goodboy

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2 q2 A  k3 }4 p$ Y4 M' a谢谢您的答复，由于我的目的基因B是跟别人要的质粒，他是从ATG开始扩增的而且极不好扩增。所以我只想将启动子连接到其上游即可，我要扩增的启动子A包含转录起始位点下游21bp至上游3.6kb.我在想要不要多扩增A基因转录起始位点至ATG之间的序列呢？

sj03572001

回复 goodboy 的帖子7 H& B9 r" {$ x
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我个人认为，你的启动子已经包含转录起始位点且含有21bp的下游序列，直接接上ATG完全可以正常转录，没有必要再添加5'非翻译区的序列

nfkappab

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我也觉得不必在加5' UTR的部分了，即使加上一段序列，也并不是真实的B基因的5' UTR序列，只是质粒的一段随机序列罢了。
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但是有个问题问楼上的同学，如果按lz的说法，他的片段是严格从ATG起始的，而启动子只包含起始位点以下21bp的片段，那么取得的mRNA的5' UTR就只有21bp的长度了。这样能保证核糖体后续的识别吗？ 知识有欠缺，诚心请教啦~

sj03572001

回复 nfkappab 的帖子* p0 E/ Y$ W' \

& }. d: f) o+ P真核生物中翻译起始，核糖体识别的是kozak序列，真核生物基因中起始密码子上下游的最佳序列为，-3位为嘌呤碱基；+4位为G，起始密码子AUG中的A处于+1位。A/GCCAUGG被称为kozak序列或扫描序列。一般商业的表达载体都含有kozak序列了，像楼主这种自己克隆启动子和基因的情况，扩增基因时理论上最好在AUG前加上GCCACC来增强真核基因的翻译效率，但是直接从ATG开始也是可以的，因为ATG是kozak序列的核心序列，只要含有ATG就可以正常起始翻译.

nfkappab

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谢谢啦~~