启动子与ATG之间的距离

goodboy

我想在组织特异性启动子A的作用下表达基因B，不知道启动子A与基因B的翻译起始位点ATG之间距离多少合适？

sj03572001

启动子与ATG之间的序列为5'非翻译区，楼主克隆B基因时，带上一段5'非翻译区序列即可，此外还要看你的启动子序列是否完整，是否已含有转录起始位点，如果启动子序列已经包含转录起始位点，那楼主所担心的问题就可以不考虑了

nfkappab

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8 ~1 h# g! K. U/ [- F2 O2 ^- z9 s, B. ?9 ]$ t5 ~2 a. M* W& q  R
启动子序列还是不带有ATG好一点吧，那样似乎会影响到目的蛋白表达。至于lz关于距离的问题，我认为在几十到几百bp之间的距离比较适当。太近了有可能你的转录因子结合启动子时会干扰到ATG起始位点，太远了的话有可能转录起始复合物难以启动转录。

sj03572001

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" w" g  Y: O0 x* S- q' b$ c' c7 Y! o; Z$ w6 |- k- X4 ]2 L
貌似你把转录起始位点与翻译起始位点混为一谈了，启动子当然不包括翻译起始位点，但转录起始位点作为核心启动子的重要组成部分，当然可以包括在内了

nfkappab

回复 sj03572001 的帖子* o9 s! w: c& x1 Q& D- {
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嗯，是我搞错了，接受批评。
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我又去看了一下转录起始位点，如果没有这个位点的话lz就只能把很长的5'UTR都带上，我觉得这不明智啊。

goodboy

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- ?3 P! U/ T2 M( S5 |! ~9 F2 T9 K
( N% A* V1 M& U% z4 F2 m/ g谢谢您的答复，由于我的目的基因B是跟别人要的质粒，他是从ATG开始扩增的而且极不好扩增。所以我只想将启动子连接到其上游即可，我要扩增的启动子A包含转录起始位点下游21bp至上游3.6kb.我在想要不要多扩增A基因转录起始位点至ATG之间的序列呢？

sj03572001

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4 ^+ e$ Q2 Y" ~" b: y- f7 k# L7 n
, [  n9 n  G5 S/ ?7 c$ y% D我个人认为，你的启动子已经包含转录起始位点且含有21bp的下游序列，直接接上ATG完全可以正常转录，没有必要再添加5'非翻译区的序列

nfkappab

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0 p$ a! j/ K% e9 Z9 h, U% V8 y+ W% }8 C3 a0 ~. Z4 H0 v
我也觉得不必在加5' UTR的部分了，即使加上一段序列，也并不是真实的B基因的5' UTR序列，只是质粒的一段随机序列罢了。( R8 ^+ e  u5 ~
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但是有个问题问楼上的同学，如果按lz的说法，他的片段是严格从ATG起始的，而启动子只包含起始位点以下21bp的片段，那么取得的mRNA的5' UTR就只有21bp的长度了。这样能保证核糖体后续的识别吗？ 知识有欠缺，诚心请教啦~

sj03572001

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) Y; D6 m2 P" ^. Z. A( p8 L) j
5 o7 ~, |6 [9 B5 E+ u7 j: L+ w真核生物中翻译起始，核糖体识别的是kozak序列，真核生物基因中起始密码子上下游的最佳序列为，-3位为嘌呤碱基；+4位为G，起始密码子AUG中的A处于+1位。A/GCCAUGG被称为kozak序列或扫描序列。一般商业的表达载体都含有kozak序列了，像楼主这种自己克隆启动子和基因的情况，扩增基因时理论上最好在AUG前加上GCCACC来增强真核基因的翻译效率，但是直接从ATG开始也是可以的，因为ATG是kozak序列的核心序列，只要含有ATG就可以正常起始翻译.

nfkappab

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* r4 m% n$ j* I- O8 M9 l: s谢谢啦~~