关于FISH的几点疑问

vividvivid1225

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最近计划做FISH，我是新手一只，有以下几个问题相向各位请教~
" E& w1 g% r5 A" f$ C0 g- v$ ~5 b2 ]  首先是杂交位点的选择，我做FISH的目的是区分人类细胞与兔细胞，因此需要找到一个人类特异性的基因。但找的同时还考虑到杂交信号强弱的问题。根据现在查阅的资料，alpha-satellite DNA是唯一一个存在于全部人类染色体着丝粒的DNA家族，杂交时可产生强信号。X染色体在Xp11.1-Xq11.1上存在有alpha-satellite DNA。我在NCBI上找到一个人类基因（homo sapiens），位于Xp11.23，所编码的蛋白质在网织红细胞形成过程中起到重要作用。我现在有这么几点疑问：1.我们的细胞在体外培养过程中很可能发生了变异，因此不确定我找到的基因在细胞核中是否存在。我该用什么方法来确定？2.如何确定位于Xp11.23的这个基因是否具有alpha-satellite DNA？; f: Z  {6 ?( N- D0 s8 r7 K6 y
请大家不吝赐教~

vividvivid1225

回复 weiyepan 的帖子1 _! s  i7 ~8 y5 b! W& b% C
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感谢~# A9 U# k' _, x9 O7 ]5 H
我是FISH新手，很多东西都不太清楚。homo sapiens是人类，现代人的意思不是。。; a) K) h2 q. ]" |2 m" H* u
我的意思是想找一个位于X染色体上的着丝粒重复序列区域的基因，以便于之后的探针杂交产生强信号。现在我找到了一个叫做GATA 1的基因，位于Xp11.23，想要根据这个基因序列合成探针。+ D9 w. f( Y# s* S
我的目的是区分细胞的来源（人的还是兔子的。。），GATA 1基因在人和兔子X染色体上都有，blast比对之后同源性为83%，请问我可否根据这个结果选取没有配对的区域序列设计探针？2 o, f' H5 y2 I# g
另外对你所说的PCR验证基因不是很懂，能不能详细说明一下？

vividvivid1225

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3 m) T2 R. c) x& e& K回复 weiyepan 的帖子: O  a: H. y7 q* D+ k3 f
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感谢回复~- f9 p% d3 N5 q  x* L' ?. h% n
请问胞膜的蛋白免疫筛选是指什么？能够在石蜡切片上检测吗？" H0 d  `5 u+ d3 i3 P, V
通常一个基因的区域信号是不够的，那我在设计探针的时候是需要将多个基因的序列都作为模板共同设计一个探针吗？
+ ^: l8 u9 m8 A) S" Vps：请问通用的设计探针的软件是什么？oligo可以吗？另外如何判断基因在细胞内的丰度呢？
/ I; N7 X5 K3 `& Z, K7 i, h: }感谢！

vividvivid1225

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$ p$ y: L0 w4 O1 i1 z感谢~" \# K9 h+ \2 o
我想问不借助公司的力量能自己进行基因组区域整段标记吗？我想标记Xp11.1-Xq11.1，我现在不清楚是怎么个过程。是要在去区段中选择多个基因联合设计探针吗？谢谢！

vividvivid1225

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感谢！

vividvivid1225

回复 weiyepan 的帖子$ t, ?$ n$ U* Y2 n* l6 O! H

' f4 T, H; o  e你好，请问你说的特异性引物在探针标记是也有用是指用随机引物法标记探针吗？3 q* e. ^! M5 [& r, Y' t
探针的合成能不能设计引物后通过PCR合成？
- \& U7 m* v5 o$ A. |寡核苷酸探针如何合成？4 H, P' M' E5 f# t. x
感谢~