如何找启动子区域

若兰汀

各位大侠，我近期转入表观遗传学研究，做了chip试验后，富集到DNA,准备扩增几个基因的启动子区域，设计引物时不知道如何确定启动子区域，请知道的大侠们相助，多谢了！

frankieisme

1、        UCSC（UC Santa Cruz）
/ b( @9 A  c, R% h! ]  C. \（1）网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear9 x0 @( e5 G" A. T5 E% `. |
# \. N- D8 ~5 {  q/ S% B5 A$ |2 q
在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go
+ ]( c1 m4 K1 ~( f; E（2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它8 N. i+ H6 H$ ^5 e
（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence3 {: c3 z4 b) U
（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域
" Y. q8 m' {; [* `（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了
( z( W( S3 a" G  ^# {

寒山拾得

ensembl2 w3 D! ]6 c! ]2 L5 E) \4 F

6 @! ~& C# }7 s$ [http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000171862;r=10:89622870-89731687;t=ENST00000371953

若兰汀

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谢谢你，

若兰汀

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% ~9 r: d6 _$ I6 E7 g/ y谢谢你，

若兰汀

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1 K" W9 H6 s, m5 S" v8 S3 F+ Y3 N在第4步中的页面里， Include only those with annotated 5' UTRs，是什么意思，要勾选吗？谢谢