如何找启动子区域

若兰汀

各位大侠，我近期转入表观遗传学研究，做了chip试验后，富集到DNA,准备扩增几个基因的启动子区域，设计引物时不知道如何确定启动子区域，请知道的大侠们相助，多谢了！

frankieisme

1、        UCSC（UC Santa Cruz）( ]; D4 i/ J/ \; W' N
（1）网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear
! s" ?( Q* K  M; E8 ?0 h3 N9 p. e2 y5 w8 J4 f
在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go0 A6 `" P3 h5 L; f# K
（2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它
& l6 O7 @; F( F9 s* i（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence7 R$ X8 H( `7 c
（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域0 P; B; e, S4 q: \! [# q
（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了
! T1 Z( y. I+ o# D

寒山拾得

ensembl
9 L$ O3 H# n' k+ J: n* w1 |1 k6 ^5 F. m  ~6 T( G: `, L
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000171862;r=10:89622870-89731687;t=ENST00000371953

若兰汀

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5 J2 j% Z. d0 ~  K
4 Z+ H, m5 ~0 {# R! D4 ?6 |9 z4 o谢谢你，

若兰汀

回复 寒山拾得 的帖子6 o' f  w% `) s' a

6 O5 e: ?4 S6 ]" Z9 d  o) w! y谢谢你，

若兰汀

回复 frankieisme 的帖子* {* h$ ~, r* y5 K' u! j

: n( R5 t; p: ?2 R) p9 |7 l) i在第4步中的页面里， Include only those with annotated 5' UTRs，是什么意思，要勾选吗？谢谢