亚硫酸氢盐测序

sandrazz

请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对，怎么分析甲基化位点？
2 D0 E8 ~# y5 A$ v! m) X: Q( l6 ~  `" V5 U( }6 M
7 c& ^2 ^9 u" g5 ~' e

; v) _8 y5 ^5 ~这是我比对的结果中一部分，第一条是标准序列，第二条是测序结果，可是大部分都和标准序列不同，太乱了，不知道是不是测序结果有误？7 Y; c' d% P: E& D. e  T
请大家帮忙分析分析，不胜感激。

86964109

感觉PCR的结果好像有突变诶，用BiQ Analyzer再分析下吧，黑白点图结果可能更直观些

sandrazz

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4 {( s- h# h3 T! M  V, W
) `0 M8 }0 s# e# u% l, w# w8 z我这个是用BioEdit比对的，你是说菌落PCR后有突变吗

bio-bin

% g! _; B* V4 b8 L7 P: x5 d
" l/ I+ j1 [2 {- g" n8 u# X
请问是自己设计的BSP引物吗？
$ D4 _  Q: j  [另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对，个人觉得会方便很多！

sandrazz

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& Z! A* b2 e1 _* l: J& B6 c  j, w0 B& X6 _4 N0 T; w* b  n
是文献上参照的引物，如何把载体序列除去啊，我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对，它们自动会对齐的，但结果很多不匹配。

bio-bin

) w. Z! z$ J; @! q" E

3 C5 ]( u4 I* i! X; C7 d可以依据你的引物，T载的酶切序列，把载体序列除去。另，注意序列方向哦！
5 S3 ]( v1 Z8 x+ H当然，这些都是在PCR正确的前提下！这个小细节可以考虑。
0 D; S# Z/ q% w) q, l  m- q' x0 h9 T如果BSP做的不多，问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。

86964109

回复 sandrazz 的帖子- g7 `  u2 _" ^7 C

  c7 j  a7 b& a* X  y) o5 ^就是感觉甲基化位点外好些都不匹配，是不是也突变了

chinawf2002

建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧