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亚硫酸氢盐测序 [复制链接]

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包包
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楼主
发表于 2012-10-9 15:31 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对,怎么分析甲基化位点?; @1 r8 C' M8 F3 ^5 E

  u3 `/ z5 P* _
' h3 d# T  ~: H; g, [+ y) U. y7 \6 o3 g0 U0 g
这是我比对的结果中一部分,第一条是标准序列,第二条是测序结果,可是大部分都和标准序列不同,太乱了,不知道是不是测序结果有误?
4 F2 P! f! W: O" B/ h/ G请大家帮忙分析分析,不胜感激。
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金话筒 优秀会员

沙发
发表于 2012-10-9 15:37 |只看该作者
感觉PCR的结果好像有突变诶,用BiQ Analyzer再分析下吧,黑白点图结果可能更直观些
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藤椅
发表于 2012-10-9 15:45 |只看该作者
回复 86964109 的帖子. D% H4 @4 k. e% W& \2 ~

7 p' B6 R9 `; w3 B# ?/ f# B我这个是用BioEdit比对的,你是说菌落PCR后有突变吗

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板凳
发表于 2012-10-9 15:55 |只看该作者
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本帖最后由 bio-bin 于 2012-10-9 16:03 编辑
+ L4 b  X; s" ^2 a# g: b, Q2 s
1 Y' T$ Q  |0 U# s" g请问是自己设计的BSP引物吗?8 d' G( k* \: c- x9 G7 D1 i
另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对,个人觉得会方便很多!
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报纸
发表于 2012-10-9 17:42 |只看该作者
回复 bio-bin 的帖子
1 o& P  g5 I5 `. @! P! z! b% W" O6 ^! a
/ ]# j* C, W- ?6 Q是文献上参照的引物,如何把载体序列除去啊,我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对,它们自动会对齐的,但结果很多不匹配。

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地板
发表于 2012-10-9 18:18 |只看该作者
本帖最后由 bio-bin 于 2012-10-9 18:43 编辑 # m6 ^0 [8 E( }' \
8 z0 v7 P: B$ x% v% b! H
可以依据你的引物,T载的酶切序列,把载体序列除去。另,注意序列方向哦!
+ l4 Z, A7 S2 F$ c8 G当然,这些都是在PCR正确的前提下!这个小细节可以考虑。
2 x& T' i" E. m1 d1 [9 X/ A  H% e- Q- q如果BSP做的不多,问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。
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金话筒 优秀会员

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发表于 2012-10-10 10:05 |只看该作者
回复 sandrazz 的帖子" r' I- X8 o, d
6 v9 K1 H, x, |
就是感觉甲基化位点外好些都不匹配,是不是也突变了
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发表于 2012-10-24 16:56 |只看该作者
建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧
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