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亚硫酸氢盐测序 [复制链接]

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包包
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楼主
发表于 2012-10-9 15:31 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对,怎么分析甲基化位点?- s  Q& i. x2 ]6 n

, N' Y2 p# `- H5 G  A: C: B- d% j& M  [. [1 w

+ m* h/ ?1 D$ s2 @' m* t9 F* D这是我比对的结果中一部分,第一条是标准序列,第二条是测序结果,可是大部分都和标准序列不同,太乱了,不知道是不是测序结果有误?
) a7 X7 A+ \. A: s5 M请大家帮忙分析分析,不胜感激。
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金话筒 优秀会员

沙发
发表于 2012-10-9 15:37 |只看该作者
感觉PCR的结果好像有突变诶,用BiQ Analyzer再分析下吧,黑白点图结果可能更直观些
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藤椅
发表于 2012-10-9 15:45 |只看该作者
回复 86964109 的帖子
9 G* B( d% g$ W8 K: ?
' }- ?7 z; ?/ v& k4 p我这个是用BioEdit比对的,你是说菌落PCR后有突变吗

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板凳
发表于 2012-10-9 15:55 |只看该作者
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本帖最后由 bio-bin 于 2012-10-9 16:03 编辑 3 G9 j' l  M+ L# ?

) e, V. F! S) e+ M0 J' ^' D请问是自己设计的BSP引物吗?9 A( v! s7 |5 i, r( R$ n
另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对,个人觉得会方便很多!
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报纸
发表于 2012-10-9 17:42 |只看该作者
回复 bio-bin 的帖子+ L' N$ P+ w' Q0 n
2 A) N) F- O3 F( {
是文献上参照的引物,如何把载体序列除去啊,我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对,它们自动会对齐的,但结果很多不匹配。

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地板
发表于 2012-10-9 18:18 |只看该作者
本帖最后由 bio-bin 于 2012-10-9 18:43 编辑
! A6 j- F' i5 d% C7 m
, v# L( O% b. v; K% @! q可以依据你的引物,T载的酶切序列,把载体序列除去。另,注意序列方向哦!
5 h, [4 B1 H4 D+ `' L- F5 r当然,这些都是在PCR正确的前提下!这个小细节可以考虑。
. `/ G) e; `: a* T1 D) g  h3 t如果BSP做的不多,问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。
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金话筒 优秀会员

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发表于 2012-10-10 10:05 |只看该作者
回复 sandrazz 的帖子8 X2 e1 W' K1 i% |( _; i
0 r; {6 t, a4 q+ O; y+ V4 u
就是感觉甲基化位点外好些都不匹配,是不是也突变了
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发表于 2012-10-24 16:56 |只看该作者
建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧
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