亚硫酸氢盐测序

sandrazz

请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对，怎么分析甲基化位点？7 J. ?" U/ h; Y. m% t

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' b9 Z) ?: R4 [8 i1 F& n6 ]+ E4 y这是我比对的结果中一部分，第一条是标准序列，第二条是测序结果，可是大部分都和标准序列不同，太乱了，不知道是不是测序结果有误？1 l- Y# X( w) m; {; t2 L- _- o: p2 q
请大家帮忙分析分析，不胜感激。

86964109

感觉PCR的结果好像有突变诶，用BiQ Analyzer再分析下吧，黑白点图结果可能更直观些

sandrazz

回复 86964109 的帖子5 o* y! m8 S) K9 ^! ^$ F$ ^
6 S1 \. M( y3 q/ }1 t. x
我这个是用BioEdit比对的，你是说菌落PCR后有突变吗

bio-bin

% R0 J* x  ~5 _7 [7 g* K8 {% `8 Z  s/ I3 Z# {4 A
请问是自己设计的BSP引物吗？' L, ^: k  u7 N" [8 c/ k% W# N
另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对，个人觉得会方便很多！

sandrazz

回复 bio-bin 的帖子. c  M7 d* ?0 G- t& v0 r
' ~) u. u; k. H3 N" K  x
是文献上参照的引物，如何把载体序列除去啊，我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对，它们自动会对齐的，但结果很多不匹配。

bio-bin

( W1 a' r& i3 r% [
, N4 `5 v: @; n4 w6 V1 W* u可以依据你的引物，T载的酶切序列，把载体序列除去。另，注意序列方向哦！
$ ~, N) B2 U$ O9 U当然，这些都是在PCR正确的前提下！这个小细节可以考虑。
9 s. q- \7 Q/ b: i% \. n如果BSP做的不多，问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。

86964109

回复 sandrazz 的帖子# z6 @5 f$ P% m
* _7 I& K9 |% Y2 |5 A
就是感觉甲基化位点外好些都不匹配，是不是也突变了

chinawf2002

建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧