亚硫酸氢盐测序

sandrazz

请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对，怎么分析甲基化位点？- s  Q& i. x2 ]6 n

, N' Y2 p# `- H5 G  A: C: B- d% j& M  [. [1 w

+ m* h/ ?1 D$ s2 @' m* t9 F* D这是我比对的结果中一部分，第一条是标准序列，第二条是测序结果，可是大部分都和标准序列不同，太乱了，不知道是不是测序结果有误？
) a7 X7 A+ \. A: s5 M请大家帮忙分析分析，不胜感激。

86964109

感觉PCR的结果好像有突变诶，用BiQ Analyzer再分析下吧，黑白点图结果可能更直观些

sandrazz

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9 G* B( d% g$ W8 K: ?
' }- ?7 z; ?/ v& k4 p我这个是用BioEdit比对的，你是说菌落PCR后有突变吗

bio-bin

3 G9 j' l  M+ L# ?

) e, V. F! S) e+ M0 J' ^' D请问是自己设计的BSP引物吗？9 A( v! s7 |5 i, r( R$ n
另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对，个人觉得会方便很多！

sandrazz

回复 bio-bin 的帖子+ L' N$ P+ w' Q0 n
2 A) N) F- O3 F( {
是文献上参照的引物，如何把载体序列除去啊，我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对，它们自动会对齐的，但结果很多不匹配。

bio-bin

! A6 j- F' i5 d% C7 m
, v# L( O% b. v; K% @! q可以依据你的引物，T载的酶切序列，把载体序列除去。另，注意序列方向哦！
5 h, [4 B1 H4 D+ `' L- F5 r当然，这些都是在PCR正确的前提下！这个小细节可以考虑。
. `/ G) e; `: a* T1 D) g  h3 t如果BSP做的不多，问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。

86964109

回复 sandrazz 的帖子8 X2 e1 W' K1 i% |( _; i
0 r; {6 t, a4 q+ O; y+ V4 u
就是感觉甲基化位点外好些都不匹配，是不是也突变了

chinawf2002

建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧