亚硫酸氢盐测序

sandrazz

请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对，怎么分析甲基化位点？( @! Z% S& I5 T( y: @/ T! n

$ I% X9 A; L( _
+ j: b/ m3 z$ S4 v6 Z8 U6 c# k! _
* m4 y) }/ h. F; {. M1 ^& l# p$ V这是我比对的结果中一部分，第一条是标准序列，第二条是测序结果，可是大部分都和标准序列不同，太乱了，不知道是不是测序结果有误？
% Z% D4 l5 {7 s2 ]请大家帮忙分析分析，不胜感激。

86964109

感觉PCR的结果好像有突变诶，用BiQ Analyzer再分析下吧，黑白点图结果可能更直观些

sandrazz

回复 86964109 的帖子# e& F: [% Q5 }( L0 k8 `+ q
( U( Y: u4 j' ]8 J& S
我这个是用BioEdit比对的，你是说菌落PCR后有突变吗

bio-bin

0 Y  a8 u# L0 e4 }* `4 f  k2 F; v) \! y. b) Z
请问是自己设计的BSP引物吗？
6 C$ {4 H- Q! {/ ]8 `% Y0 v4 O另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对，个人觉得会方便很多！

sandrazz

回复 bio-bin 的帖子& y1 L8 p2 v9 z! H( N

% J& V$ O' d" o4 w2 M是文献上参照的引物，如何把载体序列除去啊，我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对，它们自动会对齐的，但结果很多不匹配。

bio-bin

+ ]- q- U8 r1 ~( X* p; V; v" U5 b- \* I7 J  D% C
可以依据你的引物，T载的酶切序列，把载体序列除去。另，注意序列方向哦！
) A4 P5 x, O/ S8 }! i; E1 V当然，这些都是在PCR正确的前提下！这个小细节可以考虑。5 d0 W& Y- N' L+ ^3 U, Z
如果BSP做的不多，问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。

86964109

回复 sandrazz 的帖子6 X8 u: |, b! P0 W3 m
! |! o+ m6 @* j( d5 W+ N9 @
就是感觉甲基化位点外好些都不匹配，是不是也突变了

chinawf2002

建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧