亚硫酸氢盐测序

sandrazz

请问谁知道亚硫酸氢盐测序后结果如何 比对，怎么分析甲基化位点？; @1 r8 C' M8 F3 ^5 E

  u3 `/ z5 P* _
' h3 d# T  ~: H; g, [+ y) U. y7 \6 o3 g0 U0 g
这是我比对的结果中一部分，第一条是标准序列，第二条是测序结果，可是大部分都和标准序列不同，太乱了，不知道是不是测序结果有误？
4 F2 P! f! W: O" B/ h/ G请大家帮忙分析分析，不胜感激。

86964109

感觉PCR的结果好像有突变诶，用BiQ Analyzer再分析下吧，黑白点图结果可能更直观些

sandrazz

回复 86964109 的帖子. D% H4 @4 k. e% W& \2 ~

7 p' B6 R9 `; w3 B# ?/ f# B我这个是用BioEdit比对的，你是说菌落PCR后有突变吗

bio-bin

+ L4 b  X; s" ^2 a# g: b, Q2 s
1 Y' T$ Q  |0 U# s" g请问是自己设计的BSP引物吗？8 d' G( k* \: c- x9 G7 D1 i
另外不知楼主有没有先把载体上的序列先去了再比对，个人觉得会方便很多！

sandrazz

回复 bio-bin 的帖子
1 o& P  g5 I5 `. @! P! z! b% W" O6 ^! a
/ ]# j* C, W- ?6 Q是文献上参照的引物，如何把载体序列除去啊，我就是直接把原序列和测序结果放进BioEdit比对，它们自动会对齐的，但结果很多不匹配。

bio-bin

# m6 ^0 [8 E( }' \
8 z0 v7 P: B$ x% v% b! H
可以依据你的引物，T载的酶切序列，把载体序列除去。另，注意序列方向哦！
+ l4 Z, A7 S2 F$ c8 G当然，这些都是在PCR正确的前提下！这个小细节可以考虑。
2 x& T' i" E. m1 d1 [9 X/ A  H% e- Q- q如果BSP做的不多，问题很可能还是出现在样品处理和PCR上等。。。。

86964109

回复 sandrazz 的帖子" r' I- X8 o, d
6 v9 K1 H, x, |
就是感觉甲基化位点外好些都不匹配，是不是也突变了

chinawf2002

建议用bioedit 这个可以比对的 慢慢的调整 有点耐心吧