研究新基因

liuhuijing

请问如何对测序得到的新转录本进行研究，感觉没头绪，请各位大侠支招，不胜感激！

xdson1

将这些转录本根据功能进行分类~

chentian820

做Race得到序列，再进一步研究。比如体外翻译等等。

liuhuijing

回复 xdson1 的帖子5 [8 v9 u9 C# {6 \, f: U5 ?
: n( R7 }2 Z$ e' i* [2 |
先谢过，但是只给了一些在那个染色体上啥位置，怎么将他们分类呢？

weiyepan

不知道你的所谓测序，模板是从哪里来的。是逆转录的还是直接基因组测的。
8 n7 l( _! \0 h  h& `0 ], y如果是cDNA模板，就是说你测的是一个ORF，可以直接翻译成氨基酸，然后上这个网站去看看是不是有类似的蛋白已经发现了。
1 X* n- N7 K( s+ o1 @( U- Nhttp://string-db.org/newstring_c ... sionId=P4VWe4xKTVaR
$ ]6 u4 ?! R* o( N如果是基因组测序的，那么你所谓的新基因怎么样剪接的还不知道，无从研究的感觉。

liuhuijing

回复 weiyepan 的帖子7 W7 v% o0 |5 g1 M! u: m2 Z, z

. ?6 h' n+ ]$ g9 T5 ~0 K我做的是转录组测序，得出来的是转录本，好多好多的新转录本

weiyepan

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6 ]/ L9 [) X& k
% p" ~& W7 G' A; q# g: r8 [' _8 Y那这个网站应该是你要的，功能分析好用！

xdson1

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6 _/ h; g* J8 a3 b# O2 u# N! U" O  I$ x& R; }% D
我开始没细看，这样的，就是将新测序的那些转录本按照保守结构域在NCBI上进行blast，然后大概知道这些转录本的功能，然后按照功能将这些转录本进行分类，看看这些转录本在那些生命活动中有富集~ 大概就是这样的，我们做涡虫就是这样做的，一般都是新基因~

liuhuijing

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7 Q6 _+ Q* F8 q( }2 K3 j" H2 w$ I. m4 P  |
谢谢啦，感觉有头绪了

liuhuijing

回复 weiyepan 的帖子" c- }- k* P/ v
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谢谢！