ChIP-seq求助

goblinwang

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( s* ^* }# t; H' H( ~. B
$ ^9 E: S6 {& X6 J$ Q5 h; [Representative ChIP-seq profiles of GATA-1-activated(beta-like globin genes and PPOX) and -repressed(GATA2 and LYL1)genes4 w1 z# u, w3 ]1 o0 `
请问各位，这种图怎么看，有关ChIP-seq and data process 的资料不知道能否提供一些，最好能够附带一些数据处理后相关图片的解析，，谢谢了，江湖救急，感谢各位大侠出手！# U5 z3 H1 ?0 P8 N0 _9 Q

hjd8886

同问。。。

illidancui

这方面我也没做过，看过一两篇有关文献，说下自己的理解，不对还请指正。你发的这个图可以看到GATA-1结合的序列的测序结果，峰值应该指代的测序丰度，峰值高的代表结合的越多。所以这个图能看出来这个蛋白对DNA结合位置极其结合能力。具体对结合基因是促进还是抑制就需要后续实验来做了。至于数据分析这块我也不懂，应该跟普通seq结果分析原理一样吧，结果MAP之类的，这方面要请教专门做测序的高手了。

goblinwang

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恩，我后来查了些文献似乎也表示，峰值的高低代表蛋白在改基因片段结合的频率，但是从峰值与他标记的基因关系来看，总觉得有点出入，不是很match。。比如LYL1基因对应的峰值，是处于LYL1基因区段的前部分，是否可以理解为，GATA-1主要与LYL1基因的启动子或者其他顺式作用原件结合呢，
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Location analysis of GATA-1 peaks using the cis-Regulatory Element Annotation System.& x# M" x& t( L/ t" Q/ x  |2 Q

illidancui

这方面我确实也了解。貌似转录因子或表观修饰蛋白结合位点都在转录起始位点上下游2-3kbp内，大多应该为启动子或顺式原件。这种后续的精确检测应该就用chip-qpcr来做了吧。你到丁香园问问嘛，那里做这个的应该多一些。呵呵。

goblinwang

好的，谢谢，