经济适用型基因组测序分析（附原文）

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经济适用型基因组测序分析  d/ R, x7 K5 E0 Z  x
2014-10-23 1 来源：ebiotrade 作者：koo" k$ y, `0 O4 N' a! {# c' C7 A2 M, O

7 T. z% E* O( Z, h; _' q生活意味着改变，对于基因来说也是一样。为了适应本地环境的变化，生物需要一个灵活的基因组。
( _) m5 H- I: D! `+ N" [: i0 W维也纳兽医大学的Christian Schlötterer团队致力于对整个群体的基因组进行研究，希望由此了解个体之间的差异，以及这些差异背后的DNA基础。近日Schlötterer等人在Nature Reviews Genetics和Heredity杂志上发表了两篇综述，探讨了DNA测序在这方面的应用。作者们指出，对整个群体进行测序是一个有效而经济的分析途径。# s: C' ]' k) r( l# H# p; F: Z
自2001年人类基因组测序完成以来，DNA分析已经发生了翻天覆地的变化，测序成本直线下降。然而测序一个完整的基因组，仍然需要一千美元左右。对数百个体进行测序依然非常昂贵，需要的时间也比较长。% A5 ]! ^- O" N3 M7 V& U
测序群体而非个体; Z0 C6 l; o! S4 n. b; i6 f* k
Schlötterer等人指出，Pool-Seq（pool sequencing）能解决这个问题。Schlötterer和他的团队并没有一个个地测序果蝇基因组，而是一次性测序整个果蝇群体。虽然这样的遗传学信息不能与单个个体对应起来，但还是能为人们揭示与群体有关的重要线索。; I+ P& p- c# a' r% {" U
Schlötterer等人在这两篇文章中，讨论了混合样本测序Pool-Seq所能解决的问题。) |* ~) p" C; x) Q1 b
寻找进化的遗传学基础; q5 t- b1 L9 i! D
为了理解生物对本地环境改变的应答，可以在条件发生改变前后，用Pool-Seq对整个群体的基因组进行分析。研究人员采用的是E&R方法（evolve and resequence），先测序群体DNA，然后让群体的后代经历特定压力条件（比如高温、低温或UV照射），最后再测序进化后的群体。比较两组数据，可以揭示对选择性压力进行应答的基因改变。举例来说，这一步骤可以过滤出，在UV照射下使生物着色更黑的基因。
8 d; a3 C2 Y5 }2 A, h“根据这一原则，我们可以快速完成进化实验。现在，我们正用这一方法来解决多种问题，比如鉴定涉及衰老的基因和抵御疾病的基因，寻找能减轻环境影响的遗传学改变，”Schlötterer解释道。
  n. b3 K4 B6 A1 q5 d) k$ p揭示衰老和抗病性的遗传学背景5 ]9 B9 U7 m" [7 R
E&R方法可以用来筛选那些调控衰老的基因。从果蝇群体中挑选长寿个体，反复几代。然后比较长寿果蝇与普通果蝇的基因组，从中提取与衰老有关的基因。类似的方法也可以用来鉴定那些能抵抗特定疾病的基因。9 J. U) `& ?+ I
文章的共同作者，生物信息学家Robert Kofler解释道：“我们研究遗传学改变，寻找基因组发生的变化。这些变化可以帮助我们理解进化的机制。”/ h  G0 w; i2 i
原文检索：
- K2 n: ~6 b) o/ KChristian Schlötterer,Raymond Tobler,Robert Kofler& Viola Nolte. Sequencing pools of individuals — mining genome-wide polymorphism data without big funding. Nature Reviews Genetics, 23 September 2014; doi:10.1038/nrg3803
6 @0 r4 g) ]3 {& }5 M8 c+ F5 v  F2 a+ H% N8 i1 b
2楼原文 感谢zb_ming 提供

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! F1 |/ m$ s! y' k* s谢谢提供原文。