经济适用型基因组测序分析（附原文）

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+ s1 ^; {( _9 I经济适用型基因组测序分析0 C. y' B5 Z: r) c7 v/ X
2014-10-23 1 来源：ebiotrade 作者：koo, i5 \* @- O' V8 U: r
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生活意味着改变，对于基因来说也是一样。为了适应本地环境的变化，生物需要一个灵活的基因组。/ {( t3 V) M/ l: X& J
维也纳兽医大学的Christian Schlötterer团队致力于对整个群体的基因组进行研究，希望由此了解个体之间的差异，以及这些差异背后的DNA基础。近日Schlötterer等人在Nature Reviews Genetics和Heredity杂志上发表了两篇综述，探讨了DNA测序在这方面的应用。作者们指出，对整个群体进行测序是一个有效而经济的分析途径。" t3 r* R! d: A) T9 N1 G' g
自2001年人类基因组测序完成以来，DNA分析已经发生了翻天覆地的变化，测序成本直线下降。然而测序一个完整的基因组，仍然需要一千美元左右。对数百个体进行测序依然非常昂贵，需要的时间也比较长。
! Z* H$ E+ z0 w2 y; o测序群体而非个体
+ a+ B& @/ k9 F0 l# j+ BSchlötterer等人指出，Pool-Seq（pool sequencing）能解决这个问题。Schlötterer和他的团队并没有一个个地测序果蝇基因组，而是一次性测序整个果蝇群体。虽然这样的遗传学信息不能与单个个体对应起来，但还是能为人们揭示与群体有关的重要线索。$ {& _2 {# H, w* ?0 @8 F+ m* N
Schlötterer等人在这两篇文章中，讨论了混合样本测序Pool-Seq所能解决的问题。% O: `! t, Q/ B
寻找进化的遗传学基础/ d7 h3 A, X. q& b9 Q
为了理解生物对本地环境改变的应答，可以在条件发生改变前后，用Pool-Seq对整个群体的基因组进行分析。研究人员采用的是E&R方法（evolve and resequence），先测序群体DNA，然后让群体的后代经历特定压力条件（比如高温、低温或UV照射），最后再测序进化后的群体。比较两组数据，可以揭示对选择性压力进行应答的基因改变。举例来说，这一步骤可以过滤出，在UV照射下使生物着色更黑的基因。- f$ q  @. j: Y& [% }! F* S
“根据这一原则，我们可以快速完成进化实验。现在，我们正用这一方法来解决多种问题，比如鉴定涉及衰老的基因和抵御疾病的基因，寻找能减轻环境影响的遗传学改变，”Schlötterer解释道。
& ]  j% Q. S/ `揭示衰老和抗病性的遗传学背景
* o5 D6 J. ?4 ?" }& nE&R方法可以用来筛选那些调控衰老的基因。从果蝇群体中挑选长寿个体，反复几代。然后比较长寿果蝇与普通果蝇的基因组，从中提取与衰老有关的基因。类似的方法也可以用来鉴定那些能抵抗特定疾病的基因。
9 d7 \! N2 d# x: k文章的共同作者，生物信息学家Robert Kofler解释道：“我们研究遗传学改变，寻找基因组发生的变化。这些变化可以帮助我们理解进化的机制。”
8 l9 L- u2 j; u# o( T8 a原文检索：# i& w# G1 O3 m7 E8 K. r  y
Christian Schlötterer,Raymond Tobler,Robert Kofler& Viola Nolte. Sequencing pools of individuals — mining genome-wide polymorphism data without big funding. Nature Reviews Genetics, 23 September 2014; doi:10.1038/nrg3803
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% p# u+ C: o# c% O& x2楼原文 感谢zb_ming 提供

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7 l# w" N0 E$ J2 G! Z. ^( b谢谢提供原文。

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