经济适用型基因组测序分析（附原文）

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经济适用型基因组测序分析2 G- V  x% H  o; Q2 h' g8 z# d# s4 }2 B
2014-10-23 1 来源：ebiotrade 作者：koo
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生活意味着改变，对于基因来说也是一样。为了适应本地环境的变化，生物需要一个灵活的基因组。
" @. v( O. s1 H; v) R6 V8 w维也纳兽医大学的Christian Schlötterer团队致力于对整个群体的基因组进行研究，希望由此了解个体之间的差异，以及这些差异背后的DNA基础。近日Schlötterer等人在Nature Reviews Genetics和Heredity杂志上发表了两篇综述，探讨了DNA测序在这方面的应用。作者们指出，对整个群体进行测序是一个有效而经济的分析途径。
. N) g; {4 l7 h+ m* _自2001年人类基因组测序完成以来，DNA分析已经发生了翻天覆地的变化，测序成本直线下降。然而测序一个完整的基因组，仍然需要一千美元左右。对数百个体进行测序依然非常昂贵，需要的时间也比较长。' C9 l. r3 s, ?
测序群体而非个体
5 `1 ]' A- n" p6 l! f3 O7 S1 JSchlötterer等人指出，Pool-Seq（pool sequencing）能解决这个问题。Schlötterer和他的团队并没有一个个地测序果蝇基因组，而是一次性测序整个果蝇群体。虽然这样的遗传学信息不能与单个个体对应起来，但还是能为人们揭示与群体有关的重要线索。
( Y7 }( W# F5 G3 cSchlötterer等人在这两篇文章中，讨论了混合样本测序Pool-Seq所能解决的问题。
$ T3 Y* {( q8 n6 b' H寻找进化的遗传学基础
& G, A- m# |" _' l4 c8 \) P为了理解生物对本地环境改变的应答，可以在条件发生改变前后，用Pool-Seq对整个群体的基因组进行分析。研究人员采用的是E&R方法（evolve and resequence），先测序群体DNA，然后让群体的后代经历特定压力条件（比如高温、低温或UV照射），最后再测序进化后的群体。比较两组数据，可以揭示对选择性压力进行应答的基因改变。举例来说，这一步骤可以过滤出，在UV照射下使生物着色更黑的基因。! [) H5 f9 G1 M0 W
“根据这一原则，我们可以快速完成进化实验。现在，我们正用这一方法来解决多种问题，比如鉴定涉及衰老的基因和抵御疾病的基因，寻找能减轻环境影响的遗传学改变，”Schlötterer解释道。% j& E4 v9 x: i# ~1 J: V* H. W
揭示衰老和抗病性的遗传学背景* Y+ o0 n  S$ t& i0 X1 n
E&R方法可以用来筛选那些调控衰老的基因。从果蝇群体中挑选长寿个体，反复几代。然后比较长寿果蝇与普通果蝇的基因组，从中提取与衰老有关的基因。类似的方法也可以用来鉴定那些能抵抗特定疾病的基因。7 P0 t. f/ c+ m) g4 q
文章的共同作者，生物信息学家Robert Kofler解释道：“我们研究遗传学改变，寻找基因组发生的变化。这些变化可以帮助我们理解进化的机制。”8 b, s, A$ A9 g5 [8 j; K6 D7 b
原文检索：3 d7 N6 y& V0 L4 s' @" t( i
Christian Schlötterer,Raymond Tobler,Robert Kofler& Viola Nolte. Sequencing pools of individuals — mining genome-wide polymorphism data without big funding. Nature Reviews Genetics, 23 September 2014; doi:10.1038/nrg3803
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2楼原文 感谢zb_ming 提供

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谢谢提供原文。