遗传学大牛最新文章：CRISPR编辑iPS细胞的脱靶情况（附原文）

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, \/ F& K1 W- {7 m& d. [. f, [CRISPR基因编辑和iPS重编程是近年来的两大热点技术。CRISPR/Cas9已经在多个领域中展现了自己强大的特异性基因靶标能力。而iPS重编程在构建疾病模型和新药开发中有着很高的应用价值。将CRISPR应用到iPS细胞中去，似乎是一件大势所趋的事情。! e" x/ l" ^2 x& N7 R

8 p0 l5 i% T7 {  q: u- `/ r$ z+ ~4 w遗传学界的大牛George M. Church领导哈佛医学院的团队，在人iPS细胞中进行了CRISPR基因编辑。他们将全基因组测序和靶向深度测序结合起来，评估了Cas9编辑iPS细胞时的脱靶效应，还鉴定了一个影响Cas9特异性的单核苷酸变异（SNV）。这项研究于十一月二十六日发表在Nature Communications杂志上。) j* g( b% b" l& d
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Cas9核酸酶的潜在脱靶效应，一直是CRISPR技术用于临床的一个主要障碍。为此，研究人员通过CRISPR/Cas9系统在人类诱导多能干细胞（iPSC）中敲除了Tafazzin基因，效率达到54%。
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* I  [# G2 t# y: @* N随后，他们对Cas9编辑过的人类iPSC进行了全基因组测序，结果并未发现显著的基因组改变或突变率提高。研究人员还深度测序了计算机模拟的Cas9脱靶位点，进一步验证了Cas9的高特异性。5 G- \# k% w6 s, V5 c+ B" ]6 d8 v9 S

3 U5 I1 K) {' m! D- z7 B/ ?/ a不过研究人员发现，常见的生殖细胞系单核苷酸变异（SNV），会生成脱靶位点影响基因编辑的特异性。他们对人类基因组的这种SNV进行了评估，发现它生成脱靶位点的可能性大约为1.5–8.5%。据介绍，这种SNV的突变率并不高，可能也不会产生功能性影响。
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9 {9 M. y) L! b+ P7 c! L+ v# @* D这项研究为人们展示了用CRISPR/Cas9在iPS细胞中进行高特异性基因编辑的可行性。文章指出，在设计CRISPR编辑之前先进行全基因组测序是很有价值的。
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# n' }8 O% E+ r5 j4 u5 p: e著名遗传学George M. Church是哈佛医学院的遗传学教授、Wyss研究所的核心成员。他被誉为是个人基因组学和合成生物学的先锋。1984年，Church和Walter Gilbert发表了首个直接基因组测序方法，该文章中的一些策略现在仍应用在二代测序技术中。此外，如今的多重化分子技术和条码式标签也是他发明的。Church还是纳米孔测序技术的发明者之一。
1 x/ ?! d/ [/ Y! m! qTargeted and genome-wide sequencing reveal single nucleotide variations impacting specificity of ​Cas9 in human stem cells
" M7 J: ?8 r" [% }1 b! A3 w文献检索：doi:10.1038/ncomms6507( ^# o3 S8 I* C4 R
CRISPR/​Cas9 has demonstrated a high-efficiency in site-specific gene targeting. However, potential off-target effects of the ​Cas9 nuclease ( Y7 S8 [2 K5 Q+ }& X) l
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3楼原文 感谢genedu 提供

mecol

Crispr/cas9和TALEN技术的比较性研究也有文献，可以看下坛子里面的帖子

genedu

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