请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
4 c/ o$ `: f( C% R不知哪位高人有没有？

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。
1 Z2 @1 N: i, ^; m) V1 zLOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
# Y) z" ^5 m$ ?8 B+ s8 j& jDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds., F% V. o8 s+ w/ G
ACCESSION   M219317 A3 H: _8 ^" |( h) X5 Z5 v
VERSION     M21931.1  GI:199493* N8 S8 t- v; s7 ]' t( h, C
/ B1 e+ h- e: ], e* o, D% k! R
1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
: T" }  ?+ D1 W       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
, |6 `8 n0 v# N, q. B  Y" F$ N& n      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat$ Z5 V6 k" c6 ]( w, m
      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc/ ^* |4 J: e, r' }
      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag3 y8 \, s- [& `; G9 y* ^3 k
      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg
7 i+ F5 z# R! v. S- Z& q! L- U0 R      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta" L! Z; O" ]9 I+ q+ g) \3 M( p, W
      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca
! E5 Y" K$ @* c2 w8 `      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc) J9 K1 m% i1 j' {! d
      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg8 `# Y1 G& l6 T( X* g$ }+ v
      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca/ q  Q" c1 T8 ]" T$ N1 M) Q
      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca
8 v" K; [7 L/ ?' [+ c      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc
0 [. d! l, ~/ R) z0 H      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag
4 v8 e# g  }1 S! Q$ X8 ?3 F# m      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc1 ~8 b+ ~1 z6 h& |% L. G' t( s3 }
      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct& f, g2 T. F8 m8 b- {: G  U- H, a
      961 cacacaccct tggaattc: T1 z2 c7 _6 f* ]
//

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。
3 o4 z! o# R  r1 i- f3 mLOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
" F% B& F6 L: I- }DEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.9 X& z- O1 |: R, n
ACCESSION   M21932
5 c3 I+ z! R* k9 `+ O# t5 mVERSION     M21932.1  GI:199495
  J3 d: g2 a' [        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac
1 B" n& M1 C/ c: u. q, U/ U       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg$ y2 n% b+ Q" w8 b
      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt; f/ [- c2 m% _( R
      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg- L) J. k& B# \& t' Y
      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga
/ r: }! ^+ F4 ]+ `; q+ O- U+ z      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca; p# k, W9 A$ M
      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac' l1 a. E7 z6 n  s9 z6 \# b
      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc
- k  A+ h3 r6 l* R4 }      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg
/ s' H9 J  ?- b/ y- h      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct
  a5 x  {9 o$ k' \5 q7 O7 w" @% ]      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag+ P0 E$ Y3 L2 g3 K5 `6 h4 w
      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt! `$ ]8 V1 c( M
      721 gactgtctca gactgtaagg

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong
, o' n  a, Y7 z8 T% N C57是b haplotype,这个事k.
# ^+ d3 J, [; Y谢谢

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
9 Z7 d; s2 b: AmRNA and Protein(s)
) b  ~6 C1 E7 G1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 18 F7 y  U6 P3 f

5 i" J9 W0 {" S; ?1 B% P# P! S7 A, _4 F# Y" x
Source sequence(s)AK153419,BP757296
5 O. G8 W0 V* ^UniProtKB/Swiss-ProtP01901
3 b1 j8 w- \8 Z6 D9 a1 fUniProtKB/TrEMBLQ7JJ15
8 S: z$ J' g7 @& l, z* QRelated EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST00000114311
9 b7 `9 C+ N: ?$ G& PConserved Domains (3) summarycd07698
$ X0 z3 ?. F. |; V8 P; W. {& MLocation:204 – 296
  N% w4 [4 u3 n, ^# @+ A/ nBlast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam00129
% Y9 K. V; k( Y# Q3 yLocation:22 – 200
! d1 O# [# `/ u# }Blast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623
6 w$ X8 n( O! S, CLocation:334 – 3592 Z1 s6 S3 D  a% ~) r& j! v4 l
Blast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.8 W8 A7 f. K5 i8 A5 o. ^
, y( p2 @: }: ]

7 Z; l$ n; P. o2 P, t: u这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。
+ F5 z3 p* P4 f" t# ]0 ]% Qhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.2
8 ~" }( d" Q/ }: lhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2
% V0 C" W- Q: F. }$ v: T, p" ]: l. I. x' u' S; V
另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws 5 n. s! f  K- X5 `
谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.
* z$ _+ y$ d- m6 E你给我的是MHCI的K基因。( {2 N$ X; v/ U# X8 n, V
还是谢谢你。3 |2 `6 h0 d4 R$ q% U
MHC有多态性。

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。; o, F+ ~9 J7 w# \: Q
6 }- _+ b7 G# e
注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。
2 |: k/ V- _- \
, J; R! Y2 K7 m- D  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

farmer

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