请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。: o: {8 Y( i1 _+ o8 ^8 p  C
不知哪位高人有没有？

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。
2 N; m6 O" H( cLOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
4 ^0 e3 L: F& A7 F* r$ xDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.
# T/ f" j/ O7 {ACCESSION   M219316 s) L' a, Q; y6 E: r$ r
VERSION     M21931.1  GI:1994930 Z# d% E" T( k) x; m6 E
1 [# D7 Z; J% V2 `. p/ s7 G+ `, f* W
1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
& X# [6 n8 e; n! c       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
, B7 f1 u' i! K2 n) z9 m      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat
( W" \  X) s# `& S: B8 X1 W      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc
: |2 n: G6 z; T* p$ j      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag0 @; m2 G& J) u
      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg
5 A; ]/ u+ O% f! K( I      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta
% F+ V+ b" b* j# x* c      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca; L# C) v3 H5 v, s: {+ R$ {
      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc/ {( C! n9 I  z0 \5 `/ _
      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg
: L* q- p+ b5 t" k  y2 F$ K: }      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca- Q% ~6 j) Z' K) a8 _5 p
      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca6 Y2 _: J& H) v4 ]* A
      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc" h3 f+ l0 ~! x! H/ ]
      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag
5 k/ V2 o9 M! R  \. i) n' U" ^      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc
6 ^$ \5 o' r- K      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
3 T( g' o. |- L0 t      961 cacacaccct tggaattc
1 Y# b! g" A4 X7 M9 q2 Q* [//

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。
4 Z2 d1 {" Z3 {" s8 w% p9 \LOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
; {  s" o" s! S2 FDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.! c8 K% e9 s  B
ACCESSION   M21932; i+ w( V; C  b4 M
VERSION     M21932.1  GI:199495
+ \2 ]" S1 h1 [  c) }1 O        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac
5 @$ Z. d* G5 z$ f+ v  s; \       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg4 L, I6 d1 N3 n- @
      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt
! b9 e, ]7 @: s# m" K, V      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg
! b' a: Q: @) k8 x' u% k      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga/ l" ]6 Y+ R1 P5 R7 R
      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca* E9 a; w% k4 o  F( ?
      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac
+ B" e* I7 r4 o0 C) W/ h      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc1 T; `, ~+ x: ~
      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg" g( [, P4 K1 M" H
      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct
; ?7 Y8 I/ m$ c+ P# l* ^. _      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag
1 n# h$ n. ^: n2 b2 M      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt+ y) m. |" G7 q# q/ u( {" I1 h( s
      721 gactgtctca gactgtaagg

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong
0 }1 k# {- v' A: C8 b" Q8 l C57是b haplotype,这个事k.
9 I( E0 A/ N% q谢谢

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
, ~* ]2 X2 o6 w, mmRNA and Protein(s)
4 |0 K& @/ Q% ^) Z4 s1 Y1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1: o. I" z4 ~7 r+ o! z

# l: [$ K- T9 A/ v# ]' B
" Q* f. E& D; pSource sequence(s)AK153419,BP757296
) x$ q, K4 `; ?- n, @/ sUniProtKB/Swiss-ProtP01901 6 ^9 p( z$ }% K: k$ k
UniProtKB/TrEMBLQ7JJ15 / y2 k6 ]1 c2 U
Related EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST00000114311
2 U9 e4 b8 z$ H- b3 X) TConserved Domains (3) summarycd07698! E6 a# e1 ?7 j
Location:204 – 296
1 @: y9 F: n0 r0 q/ g& ?$ @Blast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam001297 J7 S: n5 N7 o" n
Location:22 – 200
7 }. ~, l. w) K% H( I0 FBlast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam066232 l/ O7 y8 u% \& [) s# D
Location:334 – 359
6 E2 N# }, A2 d# u8 V% nBlast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.
( T0 S' F& n% e% Y$ Z+ o+ b& S. F% D9 F9 p: l- l

3 a4 k9 ^1 \: O这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。0 Z( d% E( Z5 ]  p
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.2
5 m* g, t. p. d* h+ Q) ~http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2
5 \1 Z# f: e3 h: ]. ^
* v' V# v6 b* q6 I3 V# S+ N另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws . ]  k- S( y7 J: G, g% `
谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.
* G: }) W# J$ |+ s% M/ I你给我的是MHCI的K基因。
+ i  L  W( q$ w' x还是谢谢你。
5 O3 v" a# f; s( e) F; L6 L* g# o% [MHC有多态性。

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。
+ ^( C  \, I3 @, S" s2 J" u/ ~' O7 p" u& h
注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。
$ a4 T- O5 G/ ?4 z6 V* M6 \
1 Y: ?% b' K7 Z5 s" k  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

farmer

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