请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
; Y) H% P8 i' F. S9 f不知哪位高人有没有？

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。
8 e1 I) G1 P7 y1 a* p) `- `# q; H- J% VLOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
9 l/ x+ N9 [3 d& cDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.( U% a& R0 c% T+ j2 t: R  x
ACCESSION   M21931
5 n! S, d# X* v6 a) S  TVERSION     M21931.1  GI:199493
) j- n6 r- g0 ^8 U# g& o# n7 c
6 \1 v, l, k* r" ~9 ^6 U1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
! n/ @. x; k+ ~. E) O. k) a1 Y& W       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag1 K, _  [3 ]  Q  O
      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat# F  p6 t% c+ \6 n1 l
      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc; `$ F$ b) m. E  m, L
      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag1 v# c, [! {# S3 ]/ x
      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg5 M& \4 O: Q9 [7 P3 r! c
      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta; X5 v3 E5 \* L. R9 D4 n
      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca
: d" `' Y$ Z3 I9 t6 x      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc) a% u0 K& s' F* [! F! M6 W
      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg) I  z# C! z. K8 q, z' L
      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca
9 k3 a  t5 B) [" m      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca2 |# h% b$ q& G
      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc
! W( Q; Z3 G4 q      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag/ w+ o" j$ Y: f  y
      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc1 L+ u0 _1 [, `  O2 C+ ]
      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
! c) Q7 r3 B- e: G$ @9 N6 T      961 cacacaccct tggaattc' G$ Y1 t& ~/ p# @, g
//

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。+ Z  K' I  c) F& |# T
LOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
0 @' [0 |0 I+ {5 r9 O# ~4 t8 c2 wDEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.
5 M! L. b7 [$ b! B* yACCESSION   M21932
: z; c; n# U9 C. x  w2 m8 A  fVERSION     M21932.1  GI:199495
4 r9 X$ t) G6 e3 B        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac
5 s9 F+ m* i# j1 ?9 C       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg( I! x. v, v) V9 Y6 u
      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt/ g/ p: _: L# l# i. J5 R
      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg! |+ d) g2 L  [; e, P
      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga. Y" z* ]% p3 k, v
      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca* r) n( l1 V% q% Y- i
      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac
7 j+ ^- U4 e7 {+ Z2 s$ m$ d3 l      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc
. Z2 V% A! p) T( {$ t) j      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg
( @2 {. [: y9 f% Q  T* f      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct- g7 m1 C; g2 `1 L- Z. ~% C
      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag
% r& f* S, ~5 y) A- G      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt
. J3 a6 `% ]2 r! Q2 C0 }' s      721 gactgtctca gactgtaagg

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong ( o% _) a9 F* d+ t
C57是b haplotype,这个事k./ j, S  p9 a. c
谢谢

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
& x; P5 n+ |2 l2 v4 \% qmRNA and Protein(s) ! k1 S$ Q3 {! a, s! }8 g% R) J
1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1
  C! o8 l6 S: }/ t9 Q3 A/ o+ E' v2 G2 d: a3 _

6 g9 G( I1 a* c  G5 Z7 _Source sequence(s)AK153419,BP757296
$ I* G1 p' T: b( j3 O% h  bUniProtKB/Swiss-ProtP01901
0 M. N$ j' ]- I. i2 x$ e, VUniProtKB/TrEMBLQ7JJ15 $ D8 [- Z5 @- \3 d
Related EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST00000114311/ F# _: f; o7 s, ]
Conserved Domains (3) summarycd07698
4 G2 S# }1 u/ L  L# p4 q2 fLocation:204 – 296
1 D  ?+ Z1 p/ E" Q1 c+ {Blast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam00129
( x1 C( L+ P& ~+ c6 v& |Location:22 – 200/ W6 A& }: l- C7 h/ ?; Z
Blast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623
  {9 s5 F2 M& H! r: ^0 ALocation:334 – 359
9 T, u5 A+ ]" X6 q& M! VBlast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.
( _  ]! j8 b' ~6 [1 _; h  d- a4 I
% C; _& ~3 i# q3 b* l3 a: G  b- L. i$ e
这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。
2 T! m2 o' O9 [4 U: [' K1 v4 A# _http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.2! _, |. g. N! R
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2
  W# n9 Q4 R" c2 U- |2 O
# g' ]% W8 R+ V另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws
. F' i: F& F% M8 a2 f; M谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.
- F, \4 T4 L) ~# N你给我的是MHCI的K基因。
5 z7 W! F# B" y3 y6 p还是谢谢你。+ c  G; Z* ]: j1 k" }
MHC有多态性。

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。9 g# I$ I: t; L8 s' U
: h. L9 \& M  }5 \6 `  k2 S$ q6 N- S
注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。( B% i1 J7 y: T+ P
+ Q4 ~) C8 V8 \6 C
  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

farmer

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