请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
" F: B; I, T' c3 f0 ~7 A5 _' ~不知哪位高人有没有？

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。0 m( n6 P( r. Y& v* ?% ^
LOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993* ?* E. d: R/ ?+ ^0 w/ Z$ t
DEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.9 n& }% Z* Q$ D! O* y
ACCESSION   M21931& }# @) V! G5 r  s9 w
VERSION     M21931.1  GI:199493. [9 ~5 d+ P% W8 x: Q: `% A/ v

2 V3 Y- I  j. n2 {1 n, p: \; K; P. E1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
! \" A3 ~- K; L* }: l% r* q       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
. _+ `8 w) T3 P      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat
3 ~% L1 E" ~. j- W4 e# c- K/ o      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc  j2 W- h7 s" B/ n, N
      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag
" X0 T+ x6 F3 J' H      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg* x& r- h# n; M" u6 |* P+ R$ r4 F
      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta
) A( c) V" L. ]1 B  d0 |      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca- A3 V$ u" F7 i: w0 m) P* q
      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc
: i- A( @0 N2 p' K0 q" s  _      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg8 d5 e" z3 m8 T" G
      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca
/ J1 j2 Y: }7 [/ E      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca
$ W; v' z( v+ G' N2 [      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc
2 s/ G8 S6 P% p# m/ E1 M( R8 g      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag
' z/ c' P6 U: L6 r5 k. T& S      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc  O" N8 `* O! X8 m3 u3 y
      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
2 H$ \% W0 ^( z8 B" O+ @      961 cacacaccct tggaattc; K& _" a# A6 e; s& F# K  V
//

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。
3 N( n$ q' J/ u0 m  t1 ^8 oLOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-19931 S5 T4 R+ f7 M- l) e0 @
DEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.) s9 r& ~2 a8 ?3 V- K4 L& d: I
ACCESSION   M219326 e# O7 x* l& V8 d% f
VERSION     M21932.1  GI:199495
- h+ W0 R) M6 H5 |7 n0 L9 t        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac9 K; ]9 D1 V- [7 ]
       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg
' ?! A: P4 \5 k. u) Z# C      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt: R; m+ }9 {' s) f6 g& p
      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg
- |3 a4 q; y: I5 L      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga
3 Y: ]+ f2 S# D7 y      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca
: ^; n0 J' _( t  o      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac
* G2 j& T1 |6 r. [      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc  l  }- I# n/ H# I
      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg
: c! i) T" Z  O* ]1 Q& B      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct
; m: z6 o% N8 r+ w  N0 W+ o. [      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag
1 O$ ~5 a# K8 o$ T% t3 C      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt7 Q$ v2 a1 Y  b' J3 I6 m8 ~
      721 gactgtctca gactgtaagg

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong - m; H) ^# B% [
C57是b haplotype,这个事k.) L4 K3 u+ j& i$ {$ B
谢谢

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
0 z$ d$ G# D4 @/ nmRNA and Protein(s)
2 ~! ?% C  U0 I$ J5 M! v1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1
; _. t0 ^  Q1 a5 w1 X* I7 C1 S' D9 J" m$ r" `/ u
# v+ b& X# T9 k6 _
Source sequence(s)AK153419,BP757296
/ h: l1 V* v5 I. t1 zUniProtKB/Swiss-ProtP01901 * l, n, x, m7 s6 i
UniProtKB/TrEMBLQ7JJ15 1 z" F3 K6 U' ^+ t* g. P- f
Related EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST00000114311
. t. K0 b" r7 QConserved Domains (3) summarycd07698: b; E' {6 Z0 A/ [
Location:204 – 296
  l7 {/ Z- d% e, x3 d$ xBlast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam00129
# Q" [# S; ?; j# N( e0 LLocation:22 – 200
% s# E* f* k- N' V) Y2 @  [Blast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623& x1 F1 O) D5 k% ?0 G) A. y+ c
Location:334 – 359$ U9 L% C& i4 ^5 U5 i2 {3 n
Blast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.3 M$ r# w# V7 U: {+ w

: p9 F/ W$ r6 S; T+ Z) W
3 G8 R# g6 _) m# @8 M& K# D! m这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。3 B& `' i- y  c4 V- b5 U# d
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.2% E: @# J3 e9 n) Q7 v: ^( [
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2
) A; l8 B" Y+ |) E& r" _4 a) }5 g2 [' y$ ~; ^8 L4 @! ^
另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws / e$ ]- _" a- R: B- ~1 y
谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.1 u/ Y- W4 e1 C' S1 u& _( @% Z& A
你给我的是MHCI的K基因。" x+ [, ^. b5 N7 m0 M9 m* ^8 p+ K, L) R# ~
还是谢谢你。
- t) d: }$ z  _; [) _; BMHC有多态性。

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。( N3 |0 D" Q% S  t0 E
) }+ S4 ~' [0 N) Q
注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。+ O+ m; t# h# r$ Y9 v
- W* R4 G* C8 n! ]+ G
  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

farmer

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