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楼主
发表于 2011-12-2 18:33 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
Pigs in sequence space: A 0.66X coverage pig genome survey based on shotgun sequencing

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沙发
发表于 2011-12-2 18:34 |只看该作者

补充

我不太懂基因组,想知道测序深度,测序覆盖率是什么意思?文章中0.66x是什么意思?谢谢各位

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藤椅
发表于 2011-12-2 22:41 |只看该作者
因该是测序的总长度是pig基因组序列长度的0.66倍。一般测序都要覆盖基因组序列长度5-10倍,基因组精确测序一般要覆盖基因组序列长度的20-25倍。
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板凳
发表于 2011-12-4 01:11 |只看该作者
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用鸟枪法测量猪序列的总长度应覆盖猪基因组序列的0。66倍
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报纸
发表于 2011-12-4 01:13 |只看该作者
全基因组鸟枪法测序的主要步骤是:第一,建立高度随机、插入片段大小为1.6kb到4kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量,即经过两端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组大小的6到10倍。第二,高效、大规模的克隆双向测序。第三,序列组装。借助Phred, Phrap, Consed 软件进行序列组装,产生一定数量的contig。第四,填补缺口。有两种待填补的缺口,一是没有相应模板DNA的物理缺口,我们通过PCR的方法进行填补;二是有模板DNA但未测到的序列缺口,我们直接在模板DNA上设计引物测序。( C  [; @$ Q% n. w3 j5 s
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