重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？. r5 {$ ^, `1 l" W  F, y  q
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根据经验：
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0<RPKM<0.1被认为是不表达，* ]& F# @# _7 _+ O6 u* h3 J: n4 D+ B
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，% K0 F! W8 {9 k& j" s& C# \
1<RPKM<10被认为是低表达，( Z9 k6 M5 E3 T
10<RPKM<100被认为是中等表达
( |# }- ]' o( G. m- `3 G+ t100<RPKM<1000被认为是中高表达
$ w0 d( \9 K% s, E7 j0 q5 Q  Z1000<RPKM 被认为是高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：* v+ y4 C- G2 B$ S, g4 N

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如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。0 _. _* }+ I3 k" H6 A5 f4 V+ z
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转自微信号：表观遗传学快讯
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