重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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根据经验：" o) L; Y' P8 O
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0<RPKM<0.1被认为是不表达，$ e4 r- B$ `9 a) b3 f
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，
6 D/ y' p" B& B1<RPKM<10被认为是低表达，
# v8 @/ R, }; L) l# @10<RPKM<100被认为是中等表达
- G) N6 N5 e4 _9 o3 G0 g100<RPKM<1000被认为是中高表达
0 @' W) _* d! c0 D; t* K) P! u9 W1000<RPKM 被认为是高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：; R( J) R$ Y( @7 M

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1 v5 ~( s4 A- P3 k, i. T如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。
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转自微信号：表观遗传学快讯' e7 Q- o( A% O! x( L
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