重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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- `$ ^' r) G( Z4 H根据经验：- @8 G* p; A+ j* C6 d

/ t* K1 V! _" o1 i& t- z0<RPKM<0.1被认为是不表达，
9 n2 s' n3 ~* O1 a9 J0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，8 u0 B" J8 F. d% E- C5 v, d, _- V
1<RPKM<10被认为是低表达，
" x: H- V8 e, ~- e# F* ~2 }  [10<RPKM<100被认为是中等表达
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1000<RPKM 被认为是高表达. @2 {  [4 c5 }; e' U1 V

% N' i3 O- i; v+ f$ ^6 y3 n现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：: O: F  F7 n& N1 Z

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: y! I8 M# {- k如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。
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转自微信号：表观遗传学快讯
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