重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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根据经验：
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/ U5 {0 C# D- w, ~% _( |6 X& _! o0<RPKM<0.1被认为是不表达，
# i# Y8 ?0 J- K( i. ?: G0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，
2 e3 r7 x5 p6 W8 S( J( s; T1<RPKM<10被认为是低表达，& z& m( h0 D- e! q! ^4 r% w
10<RPKM<100被认为是中等表达
$ K  i: S$ u4 k. @' G6 W, u100<RPKM<1000被认为是中高表达
4 l9 w5 I/ O4 _6 G! c; R$ N1000<RPKM 被认为是高表达- a  a( |! z. X

# V' _) H: t) X! [8 }现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：1 Y  P3 D: O. `: r4 K
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8 _" t2 D" S  ^1 K4 e8 ~如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。1 T. P$ a+ |1 u

0 ~. V  r/ B9 w! @转自微信号：表观遗传学快讯: t8 d6 A/ L: O8 t' W4 |3 {
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