重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？3 i7 \/ D* r* A+ n3 j" Q- G" _/ J: t

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- H4 U0 s! T1 h. d+ o0 \7 B; i根据经验：0 O* a. E+ V& A% j4 h+ T
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0<RPKM<0.1被认为是不表达，
1 N& i5 Y4 Z0 y; b8 I) \0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，
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10<RPKM<100被认为是中等表达
/ r* R  J0 l, t  O9 y100<RPKM<1000被认为是中高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：
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如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。
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) K7 n4 k6 g& {; L9 i" G& a& ^转自微信号：表观遗传学快讯
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