重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系
小编发现生物学家特别关系基因的表达情况,但一般而言目前的表达数据主要有两种(芯片和测序),芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低,但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了,那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢?根据经验:
0<RPKM<0.1被认为是不表达,
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达,
1<RPKM<10被认为是低表达,
10<RPKM<100被认为是中等表达
100<RPKM<1000被认为是中高表达
1000<RPKM 被认为是高表达
现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧,再举个例子:
如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达,在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中,显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症,如此以来,大家就都明白了吧。
转自微信号:表观遗传学快讯
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