重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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根据经验：
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0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，
3 G$ F5 G4 v! v, {1<RPKM<10被认为是低表达，3 n0 l( G0 [3 p+ G. y* p) P
10<RPKM<100被认为是中等表达7 ~' \8 X9 I; O1 o3 a9 F, Z# Z
100<RPKM<1000被认为是中高表达
! V  a: H: t: @1000<RPKM 被认为是高表达/ \0 G6 }7 Q0 n1 ?# ~

% }% m" r" l  K5 h/ o) b: h" s现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：
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  K' e- i: u. H! g/ Q- ^7 G如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。" i2 Z; D, a; q) q2 o( x1 T

5 f  w3 D: a, P转自微信号：表观遗传学快讯# h+ q8 Q7 s( T( `- q4 ^! r
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