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本帖最后由 runsong 于 2011-9-12 22:18 编辑 * i2 R& k) l+ o; S9 u( m
) g' O6 I% L! @这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具,可以预测与启动子区域结合的转录因子。
( C4 j2 K( ` U4 |4 u( d我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站,虽然刚刚入门,但感觉不错,希望与大家分享,也在此抛砖引玉,望老手不吝赐教,同辈交流切磋。
* H1 ` j" _5 H5 ^- H! V) NTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统 网址:http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
7 U: {+ ^7 q( X Y- R& q最简单的用法如下4 Q- K) E5 v M4 z* q5 I0 v- Z5 ~! f
如图1:打开网址后,点击 site search
3 |/ u- b1 S' Q如图2:我是以CMV启动子为例说明用法,在2-1上输入序列名称;2-2上输入CMV启动子的序列;2-3中是网站保存预测结果的时间;2-4中输入你的邮箱地址,预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit+ {1 D F$ u+ o1 U3 Z! C& q L' Z6 ?
如图3:之后的界面,此时预测结果已发送到你的邮箱中,如图4.有两个链接,第一个打开网站上的结果,第二个是结果的excel版本。
5 ~, K: U" I7 c% O! O5 K如图5:打开链接的界面,是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在 Poisson Significance ,点击它,界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。5 B2 P+ }2 {% u
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其实网站上还有很多功能,我只会这么一点。详细用法可见附件文章。 |
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