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本帖最后由 runsong 于 2011-9-12 22:18 编辑
* N5 S: p1 O. d# [, B2 ?+ Z5 @' \" \: W d/ @/ ]+ u. j
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具,可以预测与启动子区域结合的转录因子。) h9 _7 H$ R& ?5 f. k9 o8 l
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站,虽然刚刚入门,但感觉不错,希望与大家分享,也在此抛砖引玉,望老手不吝赐教,同辈交流切磋。
% @( J9 I" s o* S: K# kTESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统 网址:http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
" N9 I" j% `# Y0 V5 D最简单的用法如下) I- Y0 {: e) A8 _9 X! w% M
如图1:打开网址后,点击 site search
, W$ A* n2 r# v如图2:我是以CMV启动子为例说明用法,在2-1上输入序列名称;2-2上输入CMV启动子的序列;2-3中是网站保存预测结果的时间;2-4中输入你的邮箱地址,预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
+ z9 b% O8 d9 D* b3 a如图3:之后的界面,此时预测结果已发送到你的邮箱中,如图4.有两个链接,第一个打开网站上的结果,第二个是结果的excel版本。
1 A7 h$ v) ]2 N: o. z如图5:打开链接的界面,是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在 Poisson Significance ,点击它,界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
$ K f1 t7 N8 a: `, e7 V5 c/ ?6 v9 M* H, \4 p( B2 _4 B
其实网站上还有很多功能,我只会这么一点。详细用法可见附件文章。 |
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