TESS-转录因子预测之利器

runsong

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这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
4 w5 B# P" d0 q我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。
9 ]/ q* {& T' s6 \TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
5 F  T3 j; L9 P8 y, K/ S5 |最简单的用法如下
& O) ]2 O& E6 w5 c如图1：打开网址后，点击 site search
) r5 _; m# w/ s2 v如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit- V/ b+ a% U3 N/ k
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。# i5 x. t1 R7 X  J( Z3 I- ?1 g. q. d
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。6 ]( r6 o) h, j* ]( P/ t0 X

7 p! s) e  f, C! l5 R, |其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

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, G% F4 l( R& v) z
4 R, s* y7 l* N( v% Z/ h. C! x8 h如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子! x( i4 p, q1 ^6 l  D9 v; I

6 S7 k3 B: w- t1 n5 o- {是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

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- g7 N8 C7 B! j$ ~5 r4 f6 H# |; ^9 D! }
请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？