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本帖最后由 runsong 于 2011-9-12 22:18 编辑 2 ]4 Z; l- v" l' n. o$ G5 B
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这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具,可以预测与启动子区域结合的转录因子。( z) k; M' ?* [4 K2 p' b
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站,虽然刚刚入门,但感觉不错,希望与大家分享,也在此抛砖引玉,望老手不吝赐教,同辈交流切磋。
4 q7 X7 i9 p* ~TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统 网址:http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
+ e, b% ~/ C. ?6 n3 L9 _最简单的用法如下8 A) ]2 p, [( w2 l- l) T3 e8 p
如图1:打开网址后,点击 site search- a0 N5 I8 A; S4 n
如图2:我是以CMV启动子为例说明用法,在2-1上输入序列名称;2-2上输入CMV启动子的序列;2-3中是网站保存预测结果的时间;2-4中输入你的邮箱地址,预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
. V: E% _- U6 f1 @4 m' a2 n如图3:之后的界面,此时预测结果已发送到你的邮箱中,如图4.有两个链接,第一个打开网站上的结果,第二个是结果的excel版本。
4 ]+ H3 V7 {4 f8 I O! L6 Z如图5:打开链接的界面,是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在 Poisson Significance ,点击它,界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
1 A* Z- y4 F0 R; X! z: z- F6 U) X
其实网站上还有很多功能,我只会这么一点。详细用法可见附件文章。 |
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