TESS-转录因子预测之利器

runsong

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8 g. T# K2 M( N$ {- k这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。3 h* d7 K+ `% l6 F
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。& r  Q. O1 h/ D( I  P9 W5 T
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
2 w+ k- B$ [) A* @2 O最简单的用法如下7 s) @: x# p. o/ l
如图1：打开网址后，点击 site search5 g; C$ M6 G3 i( n, n! F
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit' G% B$ ~" G$ q& _% [" e4 B6 ?
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。7 G/ w: Z) J6 R, S" o' G
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
0 M5 i- E/ U7 t8 ], v- C$ X% V
2 V4 X) {% I% T  x! s% s3 b/ k: b其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

植物怪人

回复 goodboy 的帖子4 n: S; u, _$ W7 f& G. Y% y/ a
' b' i' y) W% N% ^
谢谢楼主

Casey_Wan

回复 86964109 的帖子
- D, s* M( H$ P, h' H" T* @! M. Q. W& b2 Z( b6 H5 Q% e
好的，谢谢你！

86964109

回复 Casey_Wan 的帖子! m7 w. a( W0 j) }1 Y
/ N/ ~0 S9 ~" A
页面右上方不是有个download么，点进去试试吧，具体的我也没用过，在线预测的话还可以用TF search网站的http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html

Casey_Wan

回复 86964109 的帖子: j$ |5 w  g; f& q, p' A, u1 w
: X! t0 j4 C/ }" v
数据包如何下载和使用呢？还可以预测吗？

Casey_Wan

数据包下载了之后，不知道应该如何使用，头疼？

86964109

该服务器在线预测功能已经关闭了，貌似数据包还可以下载

wenzhi1120

是不是还需要注册？

细胞海洋

回复 wangkunvslufei 的帖子' z; y# O! x# S! l

% q$ Y) P0 v+ T( Z! [参与讨论 获得积分

wangkunvslufei

你好，能得包包么