Foundation Medicine发表靶向NGS panel的临床验证结果

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Foundation Medicine发表靶向NGS panel的临床验证结果, \2 a! n5 S* k# B, h: D
作者： / 2016-03-30
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Foundation Medicine公司和纪念Sloan Kettering癌症中心（MSKCC）的合作者发表了一项研究，描述FoundationOne Heme的验证结果。研究在线发表在期刊《Blood》上，可能有助于该检测在临床肿瘤实践中的应用。除了技术验证数据，该研究还报告了数千例临床样本检测结果，它们表明该检测可频繁地鉴定出临床上有用的诊断和预后分子标志物。( v0 Y! @/ o( l- ^# Y( ]) l
FoundationOne Heme是2013年商业化推出的，是一个综合DNA测序和RNA测序的靶向NGS panel，检测样本可以是FFPE、血液或骨髓样本。FoundationOne Heme可同时检测405个癌症相关基因的所有类型的改变，还可以对265个基因进行RNA测序，检测基因融合情况。
$ Q+ k% u% B0 n, G; M3 X0 a在该项验证研究中，MSKCC的研究者对FoundationOne Heme进行了测试，并把结果与FoundationOne进行比较，评估它在发现替换、插入、缺失和拷贝数变化中的准确度。2 Y  Q4 C" \5 P* x1 \" m
MSKCC的研究者首先重新分析了用于FoundationOne验证的47个样本，其在55个基因中有169个改变。比较FoundationOne Heme与FoundationOne的结果，一致性为99.4%。2 O. q' }/ y* c+ ]+ v7 q
研究小组还使用基因重组情况已知的混合细胞系代表临床相关肿瘤浸润分数，比较相对于初始组成细胞系，在混合样本中检测的基因重组情况。
5 a; w9 {" e; [# z3 Y+ N! p. ]当肿瘤浸润分数是20%~100%时，FoundationOne Heme检测基因融合的灵敏度是100%，当肿瘤浸润分数下降为10%时，其灵敏度为98%。只有少数假阳性，阳性预测值超过98%。, J) h* ?4 a. ~# J; C+ f
MSKCC的研究者还在76个临床样本中将FoundationOne Heme与CLIA认证的诊断分析，包括Sequenom分析、RT-PCR、FISH和PCR片段分析，进行盲法比较。4 e/ Q8 ]  @' i4 ]- ?. I
这些样本已知在11个基因中有214个临床相关改变，与血液癌症包括AML、ALL和MDS相关。在这项比较中，FoundationOne Heme与其他分析方法间的总体一致性是99%。5 q5 E& Y/ E' u/ q) w
更精确地来说，Sequenom分析或PCR片段分析能鉴定出101个基因改变，而FoundationOne Heme能鉴定出这其中的100个。与此同时，在其他分析方法报告的阴性基因改变中，FoundationOne Heme确认了111个阴性改变，还鉴定出另外2个使用参考方法未鉴定出的IDH2R140Q突变。这2个IDH2改变随后通过Ion Torrent AmpliSeq平台得到了验证。6 }( Q6 F: a4 @' m
除了一致性分析，使用FoundationOne Heme对76个检测样本进行基因组分析，鉴定出另外126个体细胞改变，包括发生在KRAS,TET2, EZH2和DNMT3A中的临床相关基因改变。2 X( y; J' g1 k1 k0 H; d- ]( u
重要的是，该研究还表明，FoundationOne Heme提供的分子信息可帮助患者准确地找到特定的靶向治疗。2 l4 W* x+ ?* c. ?1 |) R/ c
在这项研究中，Foundation Medicine分享了来自其CLIA认证、NYS批准的实验室的3696例恶性血液病的基因组分析临床数据。3 m' i& t7 z2 m
超过90%的样本（3696例中的3433例）被成功地分析。FoundationOne Heme在95%的肿瘤样本中至少鉴定出了1个驱动改变。结果表明，77%的样本至少有1个改变，有相应的商业化或正在进行临床开发的靶向疗法。
. o7 W. S5 e9 m2 `1 p7 V! u另外，61%的样本至少有1个改变，与该类型肿瘤的预后相关。4 S8 v3 d* Q! K" j
在结果讨论中，研究者表示，FoundationOne Heme的临床优点是，能够鉴定出特定疾病中与预后和治疗相关的基因异常。$ Y& M) r5 h7 e7 q, u% W: w9 k! y
例如，研究者写道，“B细胞ALL面临的挑战是，由于全基因/基因内缺失、DNA碱基对替换、较大的插入/缺失，以及染色体、基因间重排，关键的基因发生改变，导致融合基因的表达……目前，大部分中心混合使用DNA、FISH和基因特异的RNA方法，鉴定B-ALL中最关键的基因异常。FoundationOne Heme提供了一个单一的分析平台，能够可靠地确定所有与B-ALL相关的可操作的疾病等位基因，可以改善B-ALL患者的诊断和治疗”。9 g1 E8 r9 [  Z1 Q# u% U, [/ K
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参考文献：Integrated genomic DNA/RNA profiling of hematologic malignancies inthe clinical setting) J1 [8 N0 B& B0 V

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