Genome Research | 魏丽萍研究组建立嵌合突变定量模型发现早期卵裂突变率高

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Genome Research | 魏丽萍研究组建立嵌合突变定量模型发现早期卵裂突变率高  [, d' x1 |* w6 i* D) E
北京大学生命科学学院 / 2018-06-123 `; O+ c: u5 `  [9 y6 _' n
合子后嵌合突变是指发育自单个合子的多细胞个体中部分细胞携带的突变，可能来自个体发育过程中引入的突变，更可能反映突变过程的初始状态，其中一些嵌合突变可能引起疾病表型。与常见的杂合变异相比，嵌合突变的等位基因比例（allele fraction，AF）将偏离 50%，而且不同 AF 的嵌合突变可能影响该突变传递后代概率、疾病外显率等。由于嵌合突变的发生频率较低及检测技术的局限性，国际上对嵌合突变在人类基因组中发生规律的研究多停留在定性的层面。2018 年 6 月 6 日，北京大学生命科学学院、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室魏丽萍教授课题组在国际著名基因组学期刊 Genome Research 杂志上在线发表了题为“A model for postzygotic mosaicisms quantifies the allele fraction drift, mutation rate, and contribution to de novo mutations”的研究论文，构建了阐述嵌合突变分布普适性规律的定量理论模型，刻画了嵌合突变 AF 分布及发生频率，并计算发现人受精卵早期卵裂中具有更高的单碱基突变率。
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6 m6 E: e: K  V6 C合子后嵌合突变的定量理论模型
' d# ^1 k6 n- w（A）嵌合突变的等位基因比例（AF）漂变模型 （B）考虑嵌合突变产生积累与 AF 漂变构建理论 AF 分布 （C）模型拟合实际数据中的 AF 分布 （D）基于合子后单碱基嵌合突变（pSNM）与新发（de novo）突变估计得到的每次分裂单碱基突变率 （E）使用较高的早期卵裂突变率估计得到 10% 的子代新发突变源于父母中前 3 次卵裂产生的嵌合突变 （F）筛查并排除父母中 AF>θ的相应嵌合突变可以使子代新发突变的复发风险降低至θ/40 – θ/2.5
' h2 m' R2 `  c* L2 B/ E9 t6 O4 k本课题组长期致力于嵌合突变的遗传学研究，于 2017 年在 2600 多家孤独症全外显子测序数据中（Dou et al., 2017）、于 2018 年在正常人的多组织样本全基因组测序数据中（Huang et al., 2018）分别鉴定并验证了基因组水平的合子后单碱基嵌合突变。" X/ J7 L% z$ I  g
基于以上研究成果，本研究通过模拟 Galton-Watson 分支过程来定量研究嵌合突变在卵裂细胞增殖过程中的 AF 漂变，结合卵裂过程中嵌合突变发生的初始 AF 和相对数量比例来构建理论 AF 分布，并阐述父母嵌合突变和子代新发突变（de novo）之间的定量联系。通过本研究建立的模型拟合实际数据计算发现，人受精卵早期卵裂中每次分裂单碱基突变率约 3.7×10-10 个每次分裂每单倍体碱基，第一次卵裂的突变率则显著更高（约 8×10-10 个每次分裂每单倍体碱基）。研究同时发现早期卵裂每次分裂突变率高于基于新发突变计算得到的平均每次分裂突变率（男性中约 4.2-5.1×10-11 个每次分裂每单倍体碱基，女性中约 0.8-2.4×10-10 个每次分裂每单倍体碱基）。基于模型模拟结果，课题组推论 10% 的子代新发突变源于父母中前 3 次卵裂产生的嵌合突变，并表明筛查父母嵌合突变可以更精确地评估子代新发突变的复发风险。该研究中建立的嵌合突变定量理论模型，将极大促进对嵌合突变的定量研究，并且可以为遗传咨询等临床应用提供重要的理论支持。7 R& L2 u% }, [2 i, H7 z
北京大学生命科学学院、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室魏丽萍教授和 2009 级博士毕业生、哈佛大学医学院博士后黄岳博士为论文的共同通讯作者。2013 级博士生叶永鑫和 2011 级博士毕业生、哈佛大学医学院博士后窦岩梅博士为该论文并列第一作者。2013 级博士生杨晓旭和北京生命科学研究所王盛为文章共同作者。研究得到了蛋白质与植物基因研究国家重点实验室、北京大学“临床医院合作专项”、北大 - 清华生命科学联合中心、国家重点研发计划、国家自然科学基金资金支持。
2 {# ~) G  f: S# h原文链接：https://genome.cshlp.org/content/early/2018/06/06/gr.230003.117
  U# V4 T" V8 N; O2 w2 S5 ]相关参考文献：2 _3 \1 W/ q6 G, o8 U3 p
Dou, Y., Yang, X., Li, Z., Wang, S., Zhang, Z., Ye, A.Y., Yan, L., Yang, C., Wu, Q., Li, J., Zhao, B., Huang, A.Y., Wei, L. (2017). Post-zygotic single-nucleotide mosaicisms contribute to the etiology of autism spectrum disorder and autistic traits and the origin of mutations. Human Mutation 38, 1002–1013.; ]" H& \9 b: k4 ]# h* m
Huang, A.Y., Yang, X., Wang, S., Zheng, X., Wu, Q., Ye, A.Y., and Wei, L. (2018). Distinctive types of postzygotic single-nucleotide mosaicisms in healthy individuals revealed by genome-wide profiling of multiple organs. PLoS Genetics 14, e1007395.9 o6 r3 {1 u# R  E) d1 j6 F4 e3 l' v