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一、亚硫酸氢钠修饰过程中可能出现的问题及应对措施
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亚硫酸氢钠修饰DNA的目的是将DNA序列中未甲基化的胞嘧啶完全转化为尿嘧啶,而甲基化的5一甲基胞嘧啶保持不变。影响此过程的主要因素有修饰试剂的浓度、反应温度、反应环境的pH值及反应时间。其中任何一个环节出现问题都将导致MSP扩增失败,体会如下:
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( Y; E5 f w) K) r+ I. X(1)亚硫酸氢钠的浓度最好控制在3.0~3.9 mol/L为好,其pH值必须用NaOH精确调整至5.0;4 _ @/ h, n9 o
6 u+ z6 U# @: u' z) W( n
(2)修饰时间应掌握在10~16 h,修饰时间过长会导致甲基化胞嘧啶也会转化成尿嘧啶且DNA模板破坏加剧,而时间过短会导致修饰不彻底;
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. E8 @& q+ `# K8 l6 k8 P# A(3)反应温度应控制在50~55℃(若用国产恒温水浴箱建议温度设定在53℃为好);' g" _& t2 j+ g+ y
1 x, t: B8 N0 k' z(4)DNA模板量应控制在<2ug为宜。5 C$ V9 [$ e) b* F7 D
# j$ J, n% S7 E; {1 s! I只要遵循以上几点基本上能保证99% 未甲基化的胞嘧啶转化尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变。但是,此修饰过程中模板DNA有约96%已经降解 。当DNA样品较少时(如石蜡包埋组织、血清DNA),在纯化回收时可加人适量鲑鱼精DNA或糖原(约1 g)作为载体,有利于DNA沉淀(加入载体后轻轻晃动Ependof管可见絮状DNA富集现象) 。 |
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