我想做PCR内参选beta-actin还是GAPDH好呀

yangjie0329

我想测一下成骨成脂的相关基因，看文献一般用BETA-ACTIN  还想测一下DKK-1查文献用的是GAPDH   不知道成骨成脂基因如Runx-2 ALP RANKLE  PPAR-r 能不能也可以用GAPDH. 这两个内参哪个好呢，怎么选择呀？

jefferson

由于生物样本的多样性, 没有一个内参基因适合所有的分析. 即便是常用的一些管家基因, 其在不同组织中的表达也是有差异的. 所以选择内参基因时需要确定其在样本组织中是中度或高度的表达, 如果同一个实验中涉及多组织来源样本,则需要内参基因在组织间稳定表达, 表达丰度无显著性差异, 且其表达不受细胞周期,细胞活化, 外源基因表达等的影响. * g/ i" o; j8 `- Y. Q, D1 p" _! W

0 \& h0 _& T0 Y- XLZ提到的两个内参基因中, GAPDH mRNA在不同癌组织(包括肺癌、乳腺癌、肾细胞癌等)中的表达升高；在不同个体间、怀孕期间以及细胞周期的不同阶段等变化很大. 而当细胞向恶性转化时,β-actin mRNA 的表达水平增加而假基因的的存在也可干扰β-actin的检测。其他因素对这两个基因的影响不大, 可根据具体实验选择.

susuloveq

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5 z6 g1 R: q+ F  ]7 V8 A1 C5 C: t6 q. E* Y' G* `
我也做RTPCR，用BETA-ACTIN的，是老板留下来的。而当细胞向恶性转化时,β-actin mRNA 的表达水平增加而假基因的的存在也可干扰β-actin的检测。那么做正常细胞或干细胞，存在这些问题吗？？9 n* M1 Y( b" x

daviddow

好像选择这2个和基因表达水平有关。

wqpangpang

个人认为你可以用BETA-ACTIN，这个比较常规，或者先做预实验对比一下？

yangjie0329

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* U1 P+ S- m) T! ?0 t5 j3 e6 q0 @
9 k# I% a! e+ P) k" v 听说是根细胞有关，没说跟基因有关

jefferson

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0 u$ C4 f, r6 _5 @- z
+ v6 }2 N% o# W* T# y& F# |8 z查下actin在你要做的细胞来源组织中是否高丰度稳定表达, 再参考下上面我说的那几个标准就行

yangjie0329

回复 wqpangpang 的帖子" L4 z- N% ^$ _( v. {

# P- z/ l( p# }( L0 e9 l  b我用beta-actin 做的，但是结果不好，做rt-PCR循环特别大CT MEAN值都到32了，不知道是引物的是引物的原因,还是不该选beta-actin.

daviddow

回复 yangjie0329 的帖子& C0 H) y6 U& E# O( Z

" ?. l3 }8 P. y我是听invitrogen公司一个讲座那个专业人员说的，不会有错。有时间我给你找找那个PPT

yangjie0329

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* |0 v- O- p- W: B! Z: @8 ]4 s! T8 r! J! F) O4 X7 {
好的，谢谢了。