Knock-Down方法选择？？-- 比较siRNA与shRNA的利弊

echowdk

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& q5 C; Q% y1 ^+ H
, ~% f/ O* ^! j$ |看了你的回复，觉得你在这方面比较在行。我能不能问你个问题啊。就是一般大家不喜欢用siRNA是因为它在细胞内容易被降解或者代谢掉，那能不能对合成的双链siRNA进行修饰（如，磷酸化等），抑制它降解。不知道这个想法对不对。有没有这方面的报道呢？

snokey

据我的个人经验，siRNA主要是方便，体外实验随便用一下还好，用多了也很贵。但是如果你要做体内实验，shRNA是最好的选择：1.用量大时，价格因素非常重要；2.siRNA的delivery是个很大的挑战，也是目前siRNA治疗的瓶颈，而直接打shRNA病毒效果还是蛮明显的；3.你说的修饰问题很多文章和公司都在搞，你可以上网查。修饰包括两方面，一方面是block passenger strand, siRNA的off-target很多来自passenger strand。一般好的公司买来的siRNA和miRNA都是block passenger strand的dsRNAs；另一方面是修饰guide strand，主要是提高稳定性，减少降解。我手头没有综述给你，你自己上网围绕这两方面查查资料。

mansnoopy

无论是那种方法都不可避免会遇到脱靶的问题。这个问题无法质控。

cronos0910

有篇文献建议你去看看～
8 N) B, s, y- f$ `http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19389436
* B. L4 g% k" [; gsiRNA vs. shRNA: similarities and differences

kongpzh

siRNA只能做瞬转，转染效率视细胞而定，能在细胞中存在7天左右，第三天干扰效率达到最高，然后下降。
* {& X9 k4 d3 P: l% |shRNA一般是通过质粒来转染，转染效率也视细胞而定，干扰效率同siRNA，但是可以筛选稳定克隆，所以更有优势一点不过有的时候由于细胞的异质性，筛选出的细胞并不能代表整个细胞系，所以还是有点问题的。# z& l4 c6 i' }( L" l
建议如果只是做瞬时转染，可以用腺病毒表达的shRNA，如果是要做稳定克隆，可以用慢病毒转染shRNA，转染效率极高。而且sigma已经有慢病毒的shRNA库，用起来还是很方便的。