Knock-Down方法选择？？-- 比较siRNA与shRNA的利弊

dqm185

Knock-Down方法选择？？-- 比较siRNA与shRNA的利弊。) J8 A1 G, {7 f$ Z, C2 `
" D$ H- S( {$ v) @6 t; v
刚看到芷瞻的帖子，想起来这个是个值得深入讨论的好问题。大家讨论下.
* Y* U  A4 n5 D刚找到篇文献说，起止时间差不多：3小时候开始起效，持续3天。最大效应基本相同，但是shRNA在低剂量时更有效。
  [3 Q; s" j' P: H0 [& z0 chttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/175183604 F- g" @( e7 _4 l9 j$ V
具体机制方面的不同，以及功能上更多实验证据支持，还得请大家讨论讨论。6 q7 d+ b" T# k% X

snokey

我的经验：
2 M9 p7 X3 i) V! qsiRNA只能瞬转，随着细胞的分裂逐渐稀释，2-3天结果不错，时间久点就不太好了。不同细胞转染效率差别很大，就算效率很高也不可能100%进去，所以得到的细胞是mix的。sh好在可以得到纯的konck-down细胞（有筛选标记），而且可以靠病毒感染搞定很难转染的细胞（这点很重要）， konck-down效率基本不会随细胞分裂减弱。最近做到个基因，siRNA结果时好时坏，但shRNA结果非常好。
9 ?0 L% t  k* w- R以上是我的个人经验，抛砖引玉，大家一起交流一下。

snokey

我的经验：  [8 S! i: Y8 w6 y
siRNA只能瞬转，随着细胞的分裂逐渐稀释，2-3天结果不错，时间久点就不太好了。不同细胞转染效率差别很大，就算效率很高也不可能100%进去，所以得到的细胞是mix的。sh好在可以得到纯的konck-down细胞（有筛选标记），而且可以靠病毒感染搞定很难转染的细胞（这点很重要）， konck-down效率基本不会随细胞分裂减弱。最近做到个基因，siRNA结果时好时坏，但shRNA结果非常好。
& g- C4 [9 C# h. S6 e以上是我的个人经验，抛砖引玉，大家一起交流一下。

王乾

shRNA：小发卡或短发卡RNA（a small hairpin RNA or short hairpin RNA, shRNA）是一段具有紧密发卡环（tight hairpin turn）的RNA序列，常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达。利用载体把shRNA导入细胞，载体中的U6 启动子确保shRNA总是表达；这种装载了shRNA载体可被传递到子代细胞中去，从而使基因的沉默可被遗传。shRNA的发卡结构可被细胞机制切割成 siRNA，然后siRNA结合到RNA诱导沉默复合物上（RNA-induced silencing complex，RISC），该复合物能够结合到目的mRNAs并将其降解。shRNA 是由RNA 聚合酶Ⅲ转录的，哺乳细胞中的shRNA产物有时会促使细胞产生干扰素反应（细胞遇到病毒侵袭时做出的自我防卫反应），而miRNA中却不会遇到这种问题 （miRNA是由RNA聚合酶Ⅱ转录，与转录mRNA的聚合酶相同）。shRNA也被用于植物和其它系统中，在这些系统中不需要U6启动子的驱动。在植物 中，常用的增强表达的启动子是CaMV35S（cauliflower mosaic virus 35S）,在这种情况下，RNA聚合酶Ⅱ参与了转录，起始RNA干扰。4 @: v/ T$ x$ _' Z
siRNA：小或短干扰RNA（small/short interfering RNA, siRNA）是一类20-25个核苷酸长度的双链RNA分子，其主要在RNAi通路中起作用，干扰特异基因的表达。此外siRNA在RNAi相关的通路中 也起作用，如抗病毒机制，基因组染色体结构的塑造等。其结构是一段完全互补的RNA双链，两端各有两个未互补的的碱基。: [( @( D' z! z% B* a

- R. f  C) I; c% K/ c

conggu

但是有时候很多基因是建不了稳转细胞系的，只能采用siRNA瞬时转染。。。

sarah19860420

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. ^: P* [+ Z4 O, @& M( H: Q5 k6 N+ y' J- N2 i: Q
能不能推荐一个设计shRNA比较好的的公司，最好是国外的。谢谢。

snokey

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  K* X( ~  a! M- O1 h% C  G
8 i% \. q$ B  r6 e# g& p1 g( odharmacon. 用过它的microRNA和siRNA，质量不错，就是贵。现在从Thermo Fisher Scientific可以买到dharmacon的东西了。

一枝独秀

openbiosystem

一枝独秀

openbiosystem

webber43

回复 dqm185 的帖子$ ^# M" h. o/ M9 e

8 P2 \# u5 B& p* Z/ `9 X, K求助这篇文献看看！谢谢