关于不同种属间蛋白同源性的问题。

kgx1986

0 [' h$ Y/ }/ s- @" @- H

! j+ C0 K( m. i) ~& N' U3 g       最近在着手做兔子骨髓间充质干细胞分化的实验，需要用一些细胞因子比如VEGF bFGF,但是兔子的细胞因子不是一般的难买呀查过一些资料说GM-CSF、IL-3和IL-4等细胞因子种属特异，对非同源细胞几乎没有活性。相反，成纤维细胞生长因子(FGFs)和神经营养素高度保守，在不同种属细胞上均具有很好的活性。不同种属之间，蛋白同源性(序列一致性)在80%以上的基本上就可确定为有交叉活性，可推荐使用。    我的问题是从哪里可以查到两个种属之间某个基因的同源性，这样我就可以判断出来能不能用人或者其他动物的细胞因子代替兔子的，希望知道的老师不吝指教。. `) d7 v8 F' D( h0 J, N# j% o
7 D' a- _; l* U$ V, s
   PS:这个问题我觉得困扰的不只是我一个人，我问过很多做同类实验的同学都有这方面的疑惑，所以能够解答此类问题的老师惠及是一个迷茫的群体呀

FreeCell

: [6 G% W% R: J  n
0 s: E" @& h' i! m# q0 _$ m$ G
嘻嘻，高等生物的细胞因子一般对低等生物有作用，就像高版本的电脑64位操作系统一般向下兼容32位操作系统的软件一样，很少有向上兼容，而且有的时候也不一定很灵验，譬如Windows不兼容DOS，android 不兼容MacOS 的软件一个道理，不过幸运的时候也可以遇到跨系统的软件。

kgx1986

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+ _) y% A4 Z& i2 _0 `0 C! U& Q0 b4 R# {; ?6 l3 n
不知这位老师有没有看到此类问题的相关报道或者有过这方面的一些经验，如能不吝指教，将会不胜感激

kgx1986

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5 D- I& |7 b: M' ]2 B0 ^
: [3 [& x; _. w/ X6 W不知这位老师有没有看到此类问题的相关报道或者有过这方面的一些经验，如能不吝指教，将会不胜感激

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: a3 T1 e, C" ]' z5 i
4 P- q* Y' s+ L) K以下内容转自丁香园 http://cell.dxy.cn/bbs/topic/11854198
* |# h) p( I- k% _
7 l7 W0 K; L: W, v, i细胞因子的种属特异性性分3种情况：
* f. W7 n/ T, ?! D2 o; v（1）高等生物可作用于低等生物，而低等的不能作用于高等；; S- g1 `0 m( X+ P5 T
（2）没有种属特异性：可在高低等生物中通用，如：EGF；# m& |! D& Y0 g$ Z/ a) E
（3）严格的种属特异性：高等的不能作用于低等；低等的不能作用于高等，甚至不同品系也有不同，如：GM-CSF，虽然各种属间同源性很高，但人的不能作用于小鼠，小鼠的对人物作用，大鼠的对小鼠有完全活性，小鼠的对大鼠只有部分活性，甚至在C57BL/6和Balb/c之间的活性都有差别。( x9 a: N5 c9 ]% U/ o

! ?4 V! L. n( a4 A2 p. b技术方案
( Z1 C6 f6 ~+ y. Z; U5 V! n! k% y6 i+ L( k1. 在公司的网站上查到您所要订购细胞因子的氨基酸序列0 |# @9 M% m- }( n! {6 G9 k
2. 用NCBI-BLAST2 软件来比较蛋白的同源性8 p0 T4 o. m0 V2 L! d: X1 L  N* v
3. 同源性(序列一致性)在80%以上的基本上就可确定为有交叉活性
, z% {: w" u/ p- D举例：+ @# C) e5 k" ^, u4 p- b; n. z
现以美国Peprotech 公司的重组人PDGF-BB(产品编号：100-14为例，确定它与其它物种
) x! ?% l# V; P1 R" S3 s* J6 o' @- @的PDGF-BB 的同源性，进而得知是否有交叉活性。
! K& B& _. V# {/ W1. 进入Peprotech 公司网站---www.peprotech.com；
! W5 Q: ?. l' }) r. x% E2. 在左上角的产品搜索(Product Search)处输入：human PDGF-BB，查询人PDGF-BB；
' x7 w) R8 p1 R2 |4 ^7 w3. 在查询结果中找到Recombiant Human PDGF-BB(重组人PDGF-B并点击，进入如下界
  k7 v) ?7 N5 s9 ]' p面：4. 在上图中，找到重组人PDGF-BB 的氨基酸序列，即AA Sequence，拷贝到剪贴板3 {5 r, h; H& z& B, F( v
(Clipboard)；
0 q1 ^6 l' T( E6 c5. 在浏览器内进入 NCBI-Blast2 蛋白数据库查询系统， 网址为1 F1 Q& ?+ ?1 }  n
http://www.ebi.ac.uk/blastall/，界面如下：
9 v9 J; O( J( S6. 上图的下部有一个空白输入框，将剪贴板中的重组人PDGF-BB 的氨基酸序列粘贴到空' l& q  x, M: J7 x+ g. O, z
白框中，出现下图：* _7 p! p; _- j0 [, N# `; O
7. 点击上图的"Run Blast" 按钮，运行Blast，出现下面的界面，界面右侧的红色条纹不断5 ~# ~+ S3 {" }/ d, V" D
的闪烁，且右上部出现 Your job is currently running---please be patient(你的任务正在执
  S4 r1 w) o+ Q( B, f, @行---请耐心等待)；
% ~: K( q1 y0 ~, M" l: k/ R- m6 g8. 过约1 分钟左右(时间的长短与您的计算机的处理速度和网络连接速度有关)，得出查询
3 \. n3 j" U% ]8 X7 R0 d结果，如下图：
) p! d6 |3 R3 s% }2 G/ [' `9. 上图的下表显示出Peprotech 公司的重组人PDGF-BB 与其它物种(包括人天然的
& j4 ?$ v! t# M* [( _, g& dPDGF-B的PDGF-BB 的氨基酸序列一致性，在 "Identity%" 一列显示出；"DBD"
" w  i4 L7 n' @: r# f列则给出PDGF-BB的来源物种，如HUMAN(人)、MOUSE(小鼠)、RAT(大鼠)、FELCA(猫)% Y; [8 E, y# y8 q& d% C8 o+ n
和SMSAV(类人猿肉瘤病毒)等；"Source" 一列则是PDGF-BB 的具体名称，注意有些  x2 d% Q3 W2 X" Z: O
可能不是PDGF-BB，如第一行的Orf2 protein。
+ m+ r! ?% W: D10. 从上图可见，Peprotech 公司的重组人PDGF-BB 与人天然的PDGF-BB、小鼠和大鼠的
+ o- C4 ~* j$ w* G# ^* K: G* bPDGF-BB 的氨基酸序列一致性分别为98%、87%和87%，表明从理论上来讲Peprotech
; |1 t% H5 u" M7 X: r7 ?  Q公司的重组人PDGF-BB 对人、小鼠和大鼠细胞均具有较高的活性。
6 `) i  B) A5 H! c, }, Z11. 若向下拖动上图的右侧标尺，则可看到更多结果(如下图)。从图中得知，Peprotech 公司
# Z0 w8 T7 S( @3 i+ H的重组人PDGF-BB 与羊(Sheep)的氨基酸序列一致性分别也高达87%，说明，其对羊细
/ `$ i# d( L; U! g3 b8 r; \胞也有活性，而对鸡(Chiken)的氨基酸序列一致性仅为67%，提示活性不强。

kgx1986

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! X5 q: p. Z5 e: X5 o: G* W9 x. X& A1 S, v1 l6 \2 }
太感谢啦

kgx1986

5 k6 P9 |3 G' l$ G( F

8 C9 ]3 t- q& G- w回复 FreeCell 的帖子
2 a  M- u& o  l! L( _4 Y- c" A  m
    我用了您教给我的方法查到了我想要的因子信息，在此表示衷心的感谢。我想再补充问一个问题，不知道老师您能否解答。" q( L% W5 u: ]  |/ ]
    现在我要鉴定我取得的细胞是不是骨髓间充值干细胞，目前的标准是1.形态学2.表面抗原3.诱导分化（成骨成软骨成脂），其中表面抗原有CD29，CD90，CD105等等，我的问题是：怎样才能知道检测这些抗原的抗体在不同种属间是否具有同样效用呢？
) P( u0 d- e7 d6 s; K, g" `% I    PS:我在Peprotech 公司网站找不到这些抗原的氨基酸序列，貌似是没有。
" P: K1 W& |' x$ r1 i) d9 v     

FreeCell

这个也不知道呀，一个是查查相关报道，一个只能做试验