关于蛋白-dna相互作用

like_gj

最近看文献讲到实验方法PCR-assisted DNA binding site selection from random oligonucleotides 但是看不懂
% [; B5 G$ N3 ]! S实验大致过程如图
% J0 f: I7 a4 H* K, p* ^1 s求助PCR-assisted DNA binding site selection from random oligonucleotides 的原理

不倒翁

这个后面跟常用的研究DNA-protein相互作用位点的染色质免疫共沉淀是一样的，但是这个引物我没搞懂

zxcv12345

回复 like_gj 的帖子# Z- f2 ]" k7 e; t% {$ [

% \9 f2 [) m- w这个方法设计很巧妙，能否上传文献？
0 @' f2 J7 m9 p2 O* G2 f" z6 f5 A# e: e: {
这个方法是ChIP和EMSA的混合，中间的序列是随机序列（应该是随机序列庫），目的是寻找与蛋白结合的未知序列，如果这个蛋白如果和某个序列结合，则这个序列被免疫沉淀掉下来。然后用两边的primer R 和primer F扩增这个未知序列，利用EMSA证实这段序列确实可和蛋白结合，再扩增克隆得到这段序列，测序得到和蛋白结合序列的信息，
$ j4 H/ w' y, {9 q. o$ d8 \& o# @8 u
他和Chip相比，它更能准确的得到与DNA Binding的未知序列，但不是体内实验。利用这些信息可体内实验证实。

xyxihy

求原文

歪歪

不是很明白，有请高人解释一下。

mayansen1314

求原文

langziforever

回复 like_gj 的帖子  b7 }9 x2 T+ V/ N! I1 i3 Z
, C0 ~$ ^0 E  \8 h) {
这个原理和那个SELEX方法原理基本是相同的，就是首先合成一个26nt的随机序列组成的pool，这里面每条oligo都具有相同的primerR/F序列，然后将这个pool与蛋白质混合温浴，就好比做免疫共沉淀一样，这样如果蛋白质可以DNA结合时序列特异性的，就会结合到一些序列，然后通过分离出蛋白-DNA复合物，通过PCR的方法将结合的序列扩增，然后用扩增后的库再去结合蛋白，这样，一般会循环4次或则更多，最后通过PCR扩增特异性结合的产物，然后对这个产物进行测序，比对就可以知道这个蛋白质对什么样的序列结合活性较大，进而鉴定他的结合活性！

like_gj

原文是出自Current Protocols  j1 n. C4 w0 j, k: H2 Y; ]  y
一直没搞懂引物设计的问题，希望高手帮助解决
4 W" P2 p" V0 W- e. w7楼的说的SELEX法，能否给个详细的方法和原理，谢谢