关于蛋白-dna相互作用

like_gj

最近看文献讲到实验方法PCR-assisted DNA binding site selection from random oligonucleotides 但是看不懂# q7 w- a; z& Y8 _$ _! z; `
实验大致过程如图5 T+ S9 `- A4 u4 H3 u* y
求助PCR-assisted DNA binding site selection from random oligonucleotides 的原理

不倒翁

这个后面跟常用的研究DNA-protein相互作用位点的染色质免疫共沉淀是一样的，但是这个引物我没搞懂

zxcv12345

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2 K! }, H/ w2 N/ N- l  r( ^
1 T. w, K) m% `4 e3 ~0 Q1 ~* h这个方法设计很巧妙，能否上传文献？
1 x& f" p/ c4 k. Z, e
5 a. u8 ^/ R% Q. T 这个方法是ChIP和EMSA的混合，中间的序列是随机序列（应该是随机序列庫），目的是寻找与蛋白结合的未知序列，如果这个蛋白如果和某个序列结合，则这个序列被免疫沉淀掉下来。然后用两边的primer R 和primer F扩增这个未知序列，利用EMSA证实这段序列确实可和蛋白结合，再扩增克隆得到这段序列，测序得到和蛋白结合序列的信息，
8 c$ J6 B' {  j$ k! ?; }
, P  g; z! f- v6 v他和Chip相比，它更能准确的得到与DNA Binding的未知序列，但不是体内实验。利用这些信息可体内实验证实。

xyxihy

求原文

歪歪

不是很明白，有请高人解释一下。

mayansen1314

求原文

langziforever

回复 like_gj 的帖子# S( I! m2 ?4 u8 E" P4 P3 }8 O3 s5 i
" m, s6 Q( y" n+ e% b8 }, b
这个原理和那个SELEX方法原理基本是相同的，就是首先合成一个26nt的随机序列组成的pool，这里面每条oligo都具有相同的primerR/F序列，然后将这个pool与蛋白质混合温浴，就好比做免疫共沉淀一样，这样如果蛋白质可以DNA结合时序列特异性的，就会结合到一些序列，然后通过分离出蛋白-DNA复合物，通过PCR的方法将结合的序列扩增，然后用扩增后的库再去结合蛋白，这样，一般会循环4次或则更多，最后通过PCR扩增特异性结合的产物，然后对这个产物进行测序，比对就可以知道这个蛋白质对什么样的序列结合活性较大，进而鉴定他的结合活性！

like_gj

原文是出自Current Protocols! ^- M. [0 q. Y0 z+ O* Q
一直没搞懂引物设计的问题，希望高手帮助解决% O0 _% b$ W+ P
7楼的说的SELEX法，能否给个详细的方法和原理，谢谢