高通量测序

liuhuijing

请教RNA-seq与转录组测序，以及RNA-seq与DGE的区别与联系

langziforever

回复 liuhuijing 的帖子; a* T# @6 Q/ W$ ?) t, N

& a) t9 @% p+ o5 Z8 u8 P按照我的理解，RNA测序是一个技术手段，是指针对RNA的测序，而转录组测序是这个技术的一个应用，RNA测序还包含小RNA测序等等其他的应用。而DGE是数字表达谱，其实就是和芯片方法或者后来SAGE方法一样，主要是为了揭示细胞内不同基因表达水平的一种方法，DGE应该只需要测序转录组每个mRNA的一个标签，然后通过标签的丰度来统计该基因的表达水平，进而得到基因组范围内表达谱，所以，他和转录组测序的不同在于，DGE要基于已有的基因组范围内基因信息来得到基因的转录水平变化，而转录组测序可能更多的是要得到RNA的序列信息用来基因的外显子和内含子的注释等等。不知道我说明白没有，呵呵！

liuhuijing

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谢谢，我比以前更明白了。但是有的文献讲RNA-seq就是转录组测序，而有的又讲RNA-seq是DGE的升级版，都把我这初学者搞晕了。