关于在复制或者转录遇到的复杂区域的疑问

heiguzi1988

1，体外PCr有时候在遇到高GC或者复杂二级结构会失败。请问为什么这些区域在体内复制可以正常进行？
! g+ Z" M: I6 O8 o/ ?/ b2，体外人工转录，遇到复杂结构的区域时，会像复制一样失败吗？$ a; v; c% c9 ?: @7 H

9 u/ F) D$ y. u3 c9 o非常感谢！！！！！！！！！

leozarah

1、体外pcr时，由于GC的结合强度太大或含复杂二级结构，会导致模版双链的打开不完全，同时引物结合时容易产生滑动造成错配，这是因为聚合酶Taq是不具备错配修复功能的，所以很容易扩增失败；然而，体内复制时，DNA的合成是在多种酶的精确调控下进行的，解旋酶负责打开双链，聚合酶复杂合成子链和修复错配。整个过程由于酶的作用，不需涉及高温物理化学作用，加上体内的监控机制，所以是很容易进行DNA的合成的。
2 G; k3 M. c- E2、至于体外人工转录，你是指体外DNA合成RNA，这个你可以直接把DNA序列克隆到原核生物的细胞进行转录就可，按理来说，只要表达元件完整是可以完整转录DNA上的复杂结构的。

heiguzi1988

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( F( y+ u0 s: R( K
' O& ^. z' h; R3 N- c% m关于第二个问题，如果现在有一段区域很复杂，要做RACE，用SMART方式合成cdna链，请问反转录过得去复杂区域么？

leozarah

那你是做RT-PCR，以mRNA为模版，你所说的复杂结构是指链内的CG/AU形成花环结构把？这样的话，做RT-PCR是很难将这段结构转录出来的。

heiguzi1988

回复 leozarah 的帖子0 ?8 W  ?- w* {2 V3 V' |/ m4 D
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我想说的未必仅限环状结构，比如高GC和其他的复杂二级结构也包括。