《自然》[Nature]12年6月14日出版pdf全文

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. z  E) {$ B8 x  y 封面故事: “人类微生物组项目”发表首批研究成果
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Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature112347 v+ R( T: K9 s1 Q  m- t6 p
本期封面图片受到科学艺术家Joana Ricou原创画作“Our Self-Portrait: the Human Microbiome”(go.nature.com/XrDb9o)的启发。“人类微生物组项目” (HMP)的目标是，对在人体中存在、并在疾病及健康状态下与人体互动的微生物群落进行定性。在本期Nature上的两篇Articles论文中，HMP Consortium发表了五个人体区域中微生物群落的有机体组成和功能组成在人口尺度上的首批详细结果。配发的一篇News & Views文章对这些最初结果进行了讨论。这些结果，再加上一系列联合发表的论文（co-publications）的结果，已构成迄今所发表的与“人类微生物组”相关的生物和基因的最全面的目录，也反映了该项目在今后几年要研究的一些主要问题。（封面图片：Steven H. Lee/ Studio Graphiko）2 |9 \$ x9 K3 j* c- f% Z, r

# ^4 I+ i% T9 u/ p! t' {人肠道微生物群落的差别. D5 s1 K" T) j5 z; t9 \
Human gut microbiome viewed across age and geography.pdf6 B2 [( Z$ s$ ~2 ?+ }0 ]
Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature11053
% }' E; [) |/ n* c2 Y. V人肠道微生物群落被认为是由宿主的饮食和遗传共同决定的。利用来自三个不同国家的约150个家庭的超过500个人构成的一个样本，Yatsunenko等人分析了这两个因素对粪便微生物群落的组成及功能的影响。# U0 x6 Q8 I1 Q( K% `" q: _
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水杨酸受体终被识别出
3 Y% b: t3 i( f% R& p! ENPR3 and NPR4 are receptors for the immune signal salicylic acid in plants.pdf! b& c3 N1 g+ _
Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature11162* P; R4 m7 f' Y' Z5 `1 {- v
水杨酸是受体尚未被肯定识别出来的惟一主要植物激素。它是响应于病原体的挑战而在植物中产生的，诱导系统获得对二次感染的抵抗力。这个过程需要转录辅因子NPR1，这说明NPR1可能是一个水杨酸受体，但NPR1单独并不与该激素结合。在这项研究中，Xinnian Dong及其同事识别出NPR1的旁系同源物 NPR3 和 NPR4为具有不同结合亲和力的水杨酸受体。本文作者们提出NPR3 和 NPR4响应于不同水平的水杨酸来调控NPR1的一个模型。+ Z4 U9 @8 [/ s& {5 g; m
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树木年轮捕捉到了8世纪的宇宙事件% k* Z# R* ]$ ?/ v- Y6 @& Q
A signature of cosmic-ray increase in AD 774–775 from tree rings in Japan.pdf  Q, @9 J- f4 o6 V7 e  C: @5 P8 z+ k
Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature11123
- x( Y2 `' {/ `- I$ R树木年轮中的碳-14可用作宇宙射线活动的一个指标——14C是由大气中的氮与宇宙射线中的中子相互作用产生的。现在，对两个日本雪松的年轮中14C含量所做的一项高分辨率分析，显示了在公元774年和公元775年间14C含量增加约12‰的证据，比按太阳的普通调制效应所预期的数值大约20倍。本文作者得出的结论是，在公元775年前后，在我们的空间环境中发生了一次能量极高的事件，其原因目前尚不知道，因为没有当时发生一次超新星事件或一次大型太阳耀斑事件的支持证据。
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0 X# T  U% E9 X, L0 E$ d原子分辨率的电子断层扫描
3 H0 d2 |- H4 d9 v‘Big Bang’ tomography as a new route to atomic-resolution electron tomography.pdf- _' p" F. F! \9 G0 z7 N
Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature11074
* b3 \# A9 z# F5 F最先进的电子显微镜能够轻而易举以亚原子分辨率解析结构，但要获得具有相似分辨率的三维图像却是一个更大的挑战。在这项研究中，Dirk Van Dyck 和 Fu-Rong Chen描述了一个原始图像重建方法，它仅仅从一次投射便能在平面上以及在垂直方向上提取到关于所有原子去向的信息。该概念是基于这样的假设：每个原子作为一个“点源”（point source）来行动，散射出向探测器传播的球面波，在探测器上它们与来自其他原子的球面波相互干涉。所观测到的“出来的波”（exit wave）包含样品中所有原子的信息，可以用适当的算法进行调用。该方法对一个两层的石墨烯样品进行了实验演示。本文作者指出，他们的重建方法与宇宙学家用来构建“哈勃图”（Hubble plot）的方法相似，所以将其称之为“大爆炸断层扫描”（Big Bang tomography）。1 {/ ]; w- n8 W8 G/ K" M# K  ~# {
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胰腺癌的一个治疗目标9 V# ]1 a. I- K4 B& g
The deubiquitinase USP9X suppresses pancreatic ductal adenocarcinoma.pdf
2 a2 d+ V, v( d3 c3 Q. L3 C Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature11114
% z; `: c! N8 Q: A% P7 P6 a- z2 S* P: G对在一个小鼠胰腺癌模型中与致癌基因KrasG12D合作的基因所做的一次“插入式突变发生”筛选，发现在所分析的近200个不同肿瘤中的超过一半当中，Usp9x被破坏。这一发现是令人吃惊的，因为以前的工作表明，“去泛素化酶” USP9X促进肿瘤细胞存活。功能研究表明，Usp9x的失去通过在多个致癌信号通道上的一个效应来保护胰腺癌细胞不发生凋亡。在人类胰腺癌中，Usp9x表达经常失去，而且这种失去与该疾病更晚期的病情相关。因此，能够触发Usp9x重新表达的方法对于胰腺癌的治疗可能会有用。- o* f- [8 }" I4 _5 ?0 M7 ^  n

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细菌毒性注射器的结构4 L; n$ I/ H+ _. }- `$ Z
Atomic model of the type III secretion system needle.pdf! Z- }* p7 J" e3 m  U5 E
Nature 486 (7402) | doi:10.1038/nature11079$ v$ d* T0 |, ^  g2 F. X8 P5 j
“III-型”分泌系统被很多致病细菌用来在感染过程中将毒性蛋白注入宿主细胞中。现在，研究人员将固态核磁共振成像、电子显微镜和Rosetta模拟方法结合起来，以原子分辨率确定了该“分泌针”（secretion needle）的结构。所获得的原子模型显示了清晰的超分子界面、处在“针”表面上的一个延伸的“氨基端域”和指向“针管”（lumen）的一个羧基端。
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yuhaoze

非常感谢
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