请教查询两个基因序列

xuhaoxiao

我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
  `7 l! g. {' H5 `不知哪位高人有没有？

lixiaodong

看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。
3 p! m; y1 d0 z4 u: JLOCUS       MUSMHIAKA                978 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993$ B9 ]/ j( O% @3 h9 A1 j
DEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.5 a6 y7 r" O) V/ A2 l
ACCESSION   M21931& z5 }! `6 g, \' B" l+ G
VERSION     M21931.1  GI:199493
- u7 X, G+ R" F2 W" P" w& Q
# b' X7 a5 a& O& c! q3 h1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
" e- [4 S. f/ v2 R& Z; g       61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
2 p. F  ^% Z7 \) J9 o      121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat
$ L+ Y* u% W! {3 Z6 i      181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc
, l# ?% Z% }& v; o. b) Z      241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag
" S: h! S. ~. D3 x# o% K      301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg7 P% _1 B! i. l- ~
      361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta
5 e3 K! t' t$ ?  i( }3 U) `      421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca
# j3 h( Y, F+ b$ M4 X# i. n      481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc4 G0 n2 Q+ j% A* `* {: v8 b
      541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg; B3 Q  o5 q7 F+ g
      601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca" e1 m5 D' s( e
      661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca
  a  X  V: n( O* _) V      721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc4 F+ D) l& w! x: G9 _- {9 z* O
      781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag2 c) y1 R% G  S, F
      841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc
7 ?0 h. g) F1 c7 Y" M* I      901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
/ x# A6 i4 I' k6 S" C# F/ Z      961 cacacaccct tggaattc
$ u  P. Q: s/ Z5 w( n' k  `4 {//

lixiaodong

这个不全，自己再BLAST一下吧。5 Z  b9 O/ d3 o
LOCUS       MUSMHIAKB                740 bp    mRNA    linear   ROD 27-APR-1993
, ]. \/ {3 t+ P4 n. A3 F7 ^DEFINITION  Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.
# g) z3 C! x/ C& J6 T: C/ {$ ~ACCESSION   M21932" t1 d5 {# |) x8 e9 d8 h9 H4 \
VERSION     M21932.1  GI:199495
, P3 A$ t% w1 i7 L        1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac! p' B! r' m4 Z, x
       61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg/ j; a5 K' U& f) q) G
      121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt. c+ `/ e/ L7 v' f+ j9 Q4 n" z
      181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg2 |# w* A2 L1 S+ H% i: _1 P* ^- R
      241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga' ]' T$ P+ q, L7 H2 Z
      301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca+ i4 ?0 t: h& v& W) i" j
      361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac
$ \* u6 |5 N( K4 J3 N' F0 A      421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc
  ?$ U7 W, c/ r) W' q6 i' u      481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg$ X6 `4 V, p& W9 U% h; r
      541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct( F- l3 Q' G' x- l5 U* Q
      601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag
* K. y9 f& x% j: |      661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt" R$ G! L$ N7 n
      721 gactgtctca gactgtaagg

xuhaoxiao

回复 3# lixiaodong
' e! |* q- f2 H C57是b haplotype,这个事k.
: l& d' O& \' e# v谢谢

hndxws

首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
0 C: ?; a* F! E  S9 OmRNA and Protein(s) & Y  f! v# e# w6 c5 Z8 X  M3 ?: l. M
1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2  H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1
( S6 e# w0 ~/ g
  K/ Y0 Y9 p1 l) l4 ^' ~, O: i. y2 C1 U! }* }7 N7 }" i% a8 P9 B! |! @( O4 f
Source sequence(s)AK153419,BP757296 3 \- I5 `* a5 B. @' G6 p
UniProtKB/Swiss-ProtP01901
* {+ b: L& E) |UniProtKB/TrEMBLQ7JJ15
, i- }) O9 M; o* [/ WRelated EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST000001143115 i+ c) I( M# Q% s  p& S
Conserved Domains (3) summarycd07698  {  _/ ~) t" M, f: Z" {% G: n
Location:204 – 296/ x, I2 p3 F& y, ]
Blast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam001292 u/ x% _& K- Z
Location:22 – 2008 D1 G2 J& @  A
Blast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623+ K; @5 K1 {3 ?1 W
Location:334 – 359( h  R, K! z8 r5 Q# C
Blast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.
# D# M6 D# S; n+ [1 l
6 s: j* O( @" ~2 N& I& d8 n5 T$ l1 |; f& Z7 k1 x( G' r. z  D
这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。2 g! [/ h& D- ?% t, z5 }7 P
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.24 Y- i8 N4 q6 b5 ]* T$ R5 o/ ]* k) x
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2( w2 I& F. n' m* r6 D# H0 Y& m
( c, m0 |; r% A* O& Q
另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。

xuhaoxiao

回复 5# hndxws
$ s, T% }' I, p0 F8 e谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.2 p6 j. C6 ~" |1 s
你给我的是MHCI的K基因。) ?3 r! [; e; O4 y+ q
还是谢谢你。: g8 c- I1 z" l0 z" V) s% ]
MHC有多态性。

上海过客

多态性 可能是通过  不同剪 切方式 来的 。
6 O4 t) A7 v5 d5 w+ s4 C0 O9 o3 d+ E, h% q
注意 NC 开头的  号码 ，和 NM 开头的 号码  。  看看 提供的信息 。
2 J1 Q: b/ N& g! U
5 ^9 F9 _8 h" G9 n" A  NM  开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。

farmer

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