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软件：
: L4 \) G$ ?( R0 T4 v& ^+ Y1.MethPrimer -DNA甲基化CpG岛预测及引物设计在线软件
, _4 U/ [; w& r6 n: w9 l本在线软件可以预测CpG岛，并自动生成甲基化研究的引物。非常实用方便。
! Y4 e( M2 |& b$ hhttp://www.urogene.org/methprimer/index1.html
- X O( n( c! ~2 D/ ]4 ]3 B
/ } r+ A7 J2 q% N2. Methyl Primer Expres-另一个甲基化研究的引物设计软件0 s8 R# Z5 r7 s! f/ |0 _: [
这一研究工具主要作用是辅助设计出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶链锁反应的引物(primers) 。在进行DNA甲基化分析的研究过程中，许多研究人员认为最麻烦也是最花时间的过程，就属设计出具有专一性辨识能力的特异核酸引物，ABI技术人员指出，这一套软件几乎可以在短短五分钟之内，设计出合用的核酸引物。 1 u5 ~' ?- F1 B- F
目前这套专利权仍属于ABI
; v# y+ z! K6 L2 E; l, z下载地址：
5 g, A) ?% q: a* [" e9 Bhttps://products.appliedbiosyste ... 21&tab=Overview
2 @0 D" p; R1 `0 Q- F
3 Q2 g( u8 o* W$ z8 I3.BiQ Analyzer- a softwaretool for easy visualization and quality control of DNA methylation data frombisulfite sequencing.+ z$ x7 q$ {$ B: l5 [$ _
本软件最大的优点就是整理分析BSP测序后的数据，并能得到BSP研究结果经典的圆心黑点图。
/ z! O" }% o+ @8 E8 ?, Y先安装Java，才能安装BiQ.9 w1 @& m: D) Q I$ B
http://biq-analyzer.bioinf.mpi-sb.mpg.de/9 w, a+ `# D0 [# V/ X* L
( l7 R1 R$ F. O( A) p1 C. S5 a2 K4 E- c
' V* Y! }5 W+ K% W
一些研究甲基化的网页7 b, d- R. l" E/ J+ ~: Q/ z
怎样找到某一个基因的CpG岛序列 g0 p% Q# p- i5 Q! a* l+ }+ m
http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/: u5 A, f) S6 Q4 `% A. C7 o, |
推荐三个网站
1 B. ]7 e1 W4 U+ Chttp://www.methdb.de/- y# @* m4 e; |0 l- ~7 J
http://www.sciencemag.org/featur ... res_epigenetics.dtl
, ?3 }% i! `1 p' Z, y8 a% ~www.hopkinsmedicine.org/epigenetics9 R- X2 p- F. s3 [5 k( X
% N& \/ t; S" }/ _$ R# J0 i: A* y4 A
分析该基因的promoter的CpG岛：打开http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway的网站(注意选择物种) 1 b% D6 q9 e. _7 J
3 ~# ^! }! d/ _7 i& l甲基化基因的引物库6 }! j7 p/ _: E2 U& ~) D6 ]4 S
http://medgen.ugent.be/methprimerdb/index.php
3 c7 X. G2 M: N3 S& {0 s+ F( x
$ m l+ P$ V/ ]9 l! l) TgDNA亚硫酸氢盐处理后，用于甲基化的blast：( s3 }6 e5 Q6 K" o
http://medgen.ugent.be/methBLAST/ |
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发表于 2010-9-2 15:18
发表于 2011-8-9 22:29
