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研究甲基化的软件、网页 [复制链接]

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楼主
发表于 2010-9-2 15:18 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
软件:
0 F* {' M+ y3 _5 ?) D3 a6 k1.MethPrimer -DNA甲基化CpG岛预测及引物设计在线软件3 C3 P8 g& O8 L8 `: B
本在线软件可以预测CpG岛,并自动生成甲基化研究的引物。非常实用方便。
$ c% u) w$ E" p: ~$ rhttp://www.urogene.org/methprimer/index1.html% Q! u  i* j$ C

" S8 U$ D. Q, K; S; x9 C2. Methyl Primer Expres-另一个甲基化研究的引物设计软件
/ L) p2 Z6 ]% Y4 U+ F3 Y这一研究工具主要作用是辅助设计出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶链锁反应的引物(primers) 。在进行DNA甲基化分析的研究过程中,许多研究人员认为最麻烦也是最花时间的过程,就属设计出具有专一性辨识能力的特异核酸引物,ABI技术人员指出,这一套软件几乎可以在短短五分钟之内,设计出合用的核酸引物。 ; V, c, f; Y) O2 v+ g" |$ a" l4 ?- S" w7 Y
目前这套专利权仍属于ABI* J4 G! {' s# B, e5 m
下载地址:
" r) W8 K3 ~" @$ @2 s) z& {https://products.appliedbiosyste ... 21&tab=Overview& o0 Z$ d# l0 O: j4 r9 c# [6 r

# Q/ m! I, X  D- X3.BiQ Analyzer- a softwaretool for easy visualization and quality control of DNA methylation data frombisulfite sequencing.
# H6 }0 ~( I" f0 K) N+ x本软件最大的优点就是整理分析BSP测序后的数据,并能得到BSP研究结果经典的圆心黑点图。  [% h% X2 [; c, a- D5 s
先安装Java,才能安装BiQ.
- |3 A2 H! q0 X- U/ Q' _- w9 uhttp://biq-analyzer.bioinf.mpi-sb.mpg.de/
5 i+ X% w$ Z4 N( g
2 v* W  y/ n. @. V$ d
3 V. c8 C+ Y/ Q( K; `! N+ Z+ _一些研究甲基化的网页
. y* W7 B) \9 _, ~) p6 C; |; f怎样找到某一个基因的CpG岛序列
! c: H$ A) g/ l3 o) d& D" c  xhttp://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
9 O  i, X1 d! u  E# J. a9 h推荐三个网站
: G! b. M9 Y8 A- |% Z7 p- M- ?http://www.methdb.de/
4 _: H& w9 X  n  y9 T# O* Chttp://www.sciencemag.org/featur ... res_epigenetics.dtl; t  s8 d8 }: A" Y/ N- J5 n5 b- w
www.hopkinsmedicine.org/epigenetics. S  M  _' V; J7 ]$ P

; I) N7 _( _; P+ |& o! L# ?/ ~分析该基因的promoter的CpG岛:打开http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway的网站(注意选择物种) 7 ?) h$ Y0 v6 k( l) C

6 c! U1 r! S! l$ z0 |' j9 D甲基化基因的引物库$ f/ ?$ S$ s% t+ H( D
http://medgen.ugent.be/methprimerdb/index.php
- K+ b* j" k0 [
0 g  B; {7 X& n  `5 ?gDNA亚硫酸氢盐处理后,用于甲基化的blast:
. {4 ^; G5 V8 C- a7 E$ j/ whttp://medgen.ugent.be/methBLAST/
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细胞海洋 + 5 + 10 极好资料

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沙发
发表于 2011-8-9 22:29 |只看该作者
回复 exin11 的帖子1 f5 i: [$ i( X4 M
" Q) T( s( M& G4 j0 C* z, g
请问怎样确定针对那一段序列设计引物?' D- e& {! p6 m1 T, V+ w
谢谢!

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藤椅
发表于 2011-11-5 02:57 |只看该作者
回复 ndwzf 的帖子, l$ ?+ W; v# i! ^) X
( y) Z: H* [! V( [
照楼主说的,把你的目的片段input就是
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板凳
发表于 2011-11-12 11:29 |只看该作者
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谢谢分享,值得关注

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报纸
发表于 2012-2-4 09:16 |只看该作者
回复 exin11 的帖子
+ c! m+ h  f# J: Q- ^! a0 o2 }6 C9 ^$ ~# v; N2 e  R
wonderful,只不过标题不够经典,不够吸引人

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地板
发表于 2012-2-9 10:27 |只看该作者
学习

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发表于 2012-5-8 16:59 |只看该作者
这个非常的实用,全部收藏了,多谢楼主
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