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软件:
0 V' B2 T1 \% P7 i1 Y- F1.MethPrimer -DNA甲基化CpG岛预测及引物设计在线软件
9 |; O: q' T9 n! A2 S& V9 b. }本在线软件可以预测CpG岛,并自动生成甲基化研究的引物。非常实用方便。8 q* M: g7 q# @3 o) r1 k! l
http://www.urogene.org/methprimer/index1.html
, l# E2 N0 X" ]7 K* A) n5 s. Y) }5 F
2. Methyl Primer Expres-另一个甲基化研究的引物设计软件
- v8 f9 B8 P/ b, A7 a) G, a5 F这一研究工具主要作用是辅助设计出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶链锁反应的引物(primers) 。在进行DNA甲基化分析的研究过程中,许多研究人员认为最麻烦也是最花时间的过程,就属设计出具有专一性辨识能力的特异核酸引物,ABI技术人员指出,这一套软件几乎可以在短短五分钟之内,设计出合用的核酸引物。
. {7 C! g: \' W目前这套专利权仍属于ABI M8 Q, n, A6 S: V1 w
下载地址:9 f/ h, @2 r; z8 R, w
https://products.appliedbiosyste ... 21&tab=Overview
. p, J9 z3 g# ?6 M* J+ R2 X- G$ S( c: y0 I+ F0 m
3.BiQ Analyzer- a softwaretool for easy visualization and quality control of DNA methylation data frombisulfite sequencing.) Y3 G! b3 j h! F: @9 V. b" J
本软件最大的优点就是整理分析BSP测序后的数据,并能得到BSP研究结果经典的圆心黑点图。
+ H% n( y5 W- f' i8 X" J先安装Java,才能安装BiQ.
* ^! u: r0 I! j0 ]' Nhttp://biq-analyzer.bioinf.mpi-sb.mpg.de// G" \0 L; ?( ` x+ B" c$ r
' [" ~! l5 m7 }. L6 N. S/ o
* W5 n% F* l; E- p
一些研究甲基化的网页$ ^/ q1 {6 ^( @, K% j
怎样找到某一个基因的CpG岛序列
# J/ w) A# B3 |. ^! \http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
% r/ \0 x! v5 @推荐三个网站8 d- n+ g, |$ u8 v
http://www.methdb.de/
3 x) X2 Z+ e l4 @* Thttp://www.sciencemag.org/featur ... res_epigenetics.dtl
6 L4 t) Z/ Q. t; u+ u; kwww.hopkinsmedicine.org/epigenetics
7 T+ A, y6 K2 o
* ^% j( O$ s x2 _. E1 }4 \分析该基因的promoter的CpG岛:打开http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway的网站(注意选择物种)
( |. r3 v3 `/ W* b& z3 [# y# L7 _8 }& Y T" l
甲基化基因的引物库
; H# u1 i' [& P- V" K+ A+ Q- jhttp://medgen.ugent.be/methprimerdb/index.php
- c# f+ M$ ?* C6 t8 r
( _0 _6 }# ^3 xgDNA亚硫酸氢盐处理后,用于甲基化的blast:7 e; a6 e7 e: }. U( S( t% I% I
http://medgen.ugent.be/methBLAST/ |
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