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研究甲基化的软件、网页 [复制链接]

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楼主
发表于 2010-9-2 15:18 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
软件:( ~2 Y  Y  e% ^: t' J5 X
1.MethPrimer -DNA甲基化CpG岛预测及引物设计在线软件
5 w( B& @) K( e$ G; R" m8 g本在线软件可以预测CpG岛,并自动生成甲基化研究的引物。非常实用方便。# _2 i5 k8 C' t" C& P- c
http://www.urogene.org/methprimer/index1.html4 x7 m  h$ U$ h- x' ?

) j9 L. j. H( ]* a$ \2 X3 e6 I2. Methyl Primer Expres-另一个甲基化研究的引物设计软件1 p4 E7 D3 v% ]! t1 j
这一研究工具主要作用是辅助设计出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶链锁反应的引物(primers) 。在进行DNA甲基化分析的研究过程中,许多研究人员认为最麻烦也是最花时间的过程,就属设计出具有专一性辨识能力的特异核酸引物,ABI技术人员指出,这一套软件几乎可以在短短五分钟之内,设计出合用的核酸引物。 3 ~0 p, ?: J' v* I/ C6 S  p
目前这套专利权仍属于ABI
3 A) K' U. B" g  ~: ?4 l! C下载地址:
; F3 c% u4 w/ y2 C9 ~https://products.appliedbiosyste ... 21&tab=Overview! s1 {8 s* t. h. N+ b1 z$ [

( e3 q3 @1 l* R3.BiQ Analyzer- a softwaretool for easy visualization and quality control of DNA methylation data frombisulfite sequencing.( R, S  e2 k, P0 u# o/ W
本软件最大的优点就是整理分析BSP测序后的数据,并能得到BSP研究结果经典的圆心黑点图。. r; C+ _4 O, W) p% a; v4 h7 g
先安装Java,才能安装BiQ.
# B' F" b" Q3 d  [/ ihttp://biq-analyzer.bioinf.mpi-sb.mpg.de/' P6 {* ?2 _( H  i, ^2 a
" e! |1 H& D2 Q
* n/ }( j3 H" j2 R
一些研究甲基化的网页
2 q) P# k7 s; b. I5 Y- v& A4 j怎样找到某一个基因的CpG岛序列) T) w- a  r% @8 L5 Y7 }7 `
http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
3 J6 D8 J3 s/ M' d1 `推荐三个网站6 ^. V- c9 w# a# k  M
http://www.methdb.de/
! P; l& s. c% |7 M2 phttp://www.sciencemag.org/featur ... res_epigenetics.dtl* N. o+ g, \3 w
www.hopkinsmedicine.org/epigenetics3 f5 v# p+ H( e

! n) |7 ?- W8 P+ z$ U分析该基因的promoter的CpG岛:打开http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway的网站(注意选择物种)
/ _! k% s! K% w5 M4 {, @; T3 ]7 z6 G6 n  K, L3 V+ B% O
甲基化基因的引物库; m3 [. }1 ^7 B+ U
http://medgen.ugent.be/methprimerdb/index.php. k, D. A  _) L7 L1 t6 Y+ K* x( y+ q

* g6 `% _+ u5 @% I7 i& T" @gDNA亚硫酸氢盐处理后,用于甲基化的blast:
& t: ~# h* Y% lhttp://medgen.ugent.be/methBLAST/
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Tlexander + 10 + 10 记号资料
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沙发
发表于 2011-8-9 22:29 |只看该作者
回复 exin11 的帖子
3 u7 m) R/ R% n) z& R% L, h, z0 k8 T0 J7 L" H
请问怎样确定针对那一段序列设计引物?6 d8 ]- U4 k* [+ \' [5 s. O- c/ `
谢谢!

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藤椅
发表于 2011-11-5 02:57 |只看该作者
回复 ndwzf 的帖子
  F: N; N! f! U
5 F( h: |* w, N. \8 N照楼主说的,把你的目的片段input就是
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板凳
发表于 2011-11-12 11:29 |只看该作者
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谢谢分享,值得关注

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报纸
发表于 2012-2-4 09:16 |只看该作者
回复 exin11 的帖子) R6 T, u* g3 i- ~& P! n$ q
2 c0 p# W7 o' a1 Q+ q" ^( g
wonderful,只不过标题不够经典,不够吸引人

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地板
发表于 2012-2-9 10:27 |只看该作者
学习

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发表于 2012-5-8 16:59 |只看该作者
这个非常的实用,全部收藏了,多谢楼主
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