TESS-转录因子预测之利器

runsong

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; a; a/ {( ]' `$ d% n& p这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。/ O6 T0 t: A* A: b, J+ o
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。$ w# g1 O$ j* r8 I- `: u
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  ) D' W+ ?$ K# {  b' f, [' @. T, i: Q
最简单的用法如下" T4 P' n6 }! e! E
如图1：打开网址后，点击 site search. q) Z' R' w8 R9 ?9 J& k2 \
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit* v0 c; R9 z* R# h& d
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。# F+ D4 `* i' q$ b! j6 J
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
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其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

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: K3 }* R7 a5 m) d
3 l+ l: o! \! T如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子' W9 J! n1 H* i8 G0 m

' ]" J# u, U6 i3 ^1 V是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子3 F. I8 I# k, I* C4 S- _

# n" X3 l) Q9 n1 v4 y  F0 X请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？