高GC和复杂二级结构为什么可能会导致PCR失败？

heiguzi1988

原理分别是什么？谢谢！

phdyhm

这是很正常的事情，G-C三键，键能较A-T 双键更高，二级机构的情况就更复杂了，包括不仅通过折叠使分子变得稳定，也可与周围形成其他的键，所以高GC和复杂二级结构很可能导致PCR失败。
* {3 l" C" e: f9 O/ O1 q我曾经就进行过一次PCR,必须加DMOS（注意，微毒，戴手套），可以使复杂二级结构打开，效果还不错。而且这种产物转化时也要高温加热，这还是打电话问人家生物公司问来的密不外传的经验。

cronos0910

G-C3个氢键，使DNA更稳定，在高温下也不容易形成单股，嗜高温的archaea就含有高比例的G-C
$ s" T1 X4 S7 o( K- R! Y
" R# j# t  ^7 B但是G-C跟二级结构无关
$ V: p" M" T# G! T" r( H. d
, o; z/ Y' d% `9 [/ ~7 J" L' E二级结构有折叠性使DNA分子更为稳定，在高温时，只会使部分打开，而造成PCR无法进行

meister

A-T 双键，G-C三键，键能高，ＤＮＡ结合紧密。
* R. G. k1 u. s4 f' O& [复杂的二级结构你指的是什么？

w343989328

高GC使DNA双链结合力过大，变性不足无法形成单链。& e9 V( I' G! d# @2 R
复杂二级结构使引物无法结合母链。

zxcv12345

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' D% n1 r$ E- j1 d9 p) S9 e高GC造成DNA双链打不开，造成PCR失败