请教一个CHIP的问题 超声之后解交联的DNA能否用来扩增目的基因

深海鱼

如题，因为超声随机性，不能保证要扩增的目的基因片段仍保持完整，所以将超声后产物解交联，得到的DNA能否用于目的基因扩增？若扩不出来，是不是说明超声将目的基因打碎了就不用继续做了，因为做完那个片段仍是碎的 检测不出。
% U6 _" x. L6 ~4 ^) M$ ?" l请大侠指教，欢迎讨论~

深海鱼

自顶一个！0 Q* x( U, ]# B5 Q4 }. P- \
令大家都用什么盒子做CHIP，快用完了打算再买一个

不倒翁

不是这样的 你需要好好看一下CHIP的原理 DNA是随机打断的  但是你扩增的时候只扩增基因的某些部分 和real time 一样 只检测一部分 所以设计扩增引物的时候要看看有没有预测的结合位点 没有的话要尽量涵盖大部分片段

cronos0910

超声后产物解交联，得到的DNA可以进行PCR9 b+ r1 k: m. V: J

) b& P$ Z; o" M+ T+ a6 _3 N超声后产物建议你先做电泳来确定超声效率
. {7 ~; H0 l* N/ K6 r+ A* I. G: q1 }- ~, r; W6 s% O
你的的ChIP做不出来有几种可能的的问题
, n  I. ^8 N5 y$ G  h7 ?% x7 Z" R5 `/ O, B* Q) B- F! w9 A
第一个可能是因为你的目的基因并没有预期的结果
1 R  T  ~. o7 J* Y5 W3 l/ A$ H# ^+ u& o; F; b
第二个可能是你所用的细胞数不足6 N; a7 Y8 d, O4 W! w' ]
" k1 h0 N8 F: W3 ]# w2 |# x
第三个试试看重新设计引子
6 n# l7 K# ?$ A! l0 J" f3 L
, M: q# _5 x- P( Q+ E* D5 }" U& T我用的盒子Millipore的Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Assay Kit

cneagle66

对于长片段应该会有影响吧。如果长片段被打断了，拷贝数不一样的标本，会不会受影响？

embryonic12

回复 cronos0910 的帖子
- b9 M+ c# v7 |$ S/ B+ {! ^+ F. s1 y2 g% r1 Q
您好!$ K4 C/ M- g4 \: K) u
请教一下，如何通过超声后产物电泳来判断超声效率呢？, [+ J. J. Q2 r$ |7 h4 z% z, I
另外，最后一步PCR时用realtime 和普通的PCR区别大么？看到有人发帖说：“返回的审稿意见要求将普通PCR换为realtime”。但差了一些最近发的文章，不少还是普通PCR呀？9 i% C! e2 `& W% Z/ p4 u2 D
谢谢指点！

cronos0910

你好
% @3 H7 l$ n5 B) n( [5 _  b' q4 H4 ?4 o3 n
的ChIP的超声产物片段大小最好在300-500bp的间% S( z8 H# U. [* t+ m' e
（普通PCR扩增引子工程学系放大的片段最好简在100-300bp的，实时PCR的则为100-200bp）
3 O* m; d4 m4 t, @/ j& @8 `: z4 V跑电泳时可看片段是否在那段范围间
3 N6 S0 l* ?' C2 _7 V不同的样本要自己测试超声的条件. P5 p4 W$ M: M& B" ~+ p

* m5 D  P$ y" N( G3 A" d. m$ o' a最后一步建议使用实时聚合酶链反应
/ h- Y- c* `" q( Z9 I& n6 i8 R, k因为可以做近一步的定量
8 B' G! |; x0 o( g- J这样的ChIP的结果才比较给力
8 T9 b  t# g$ Z. a+ ]普通PCR技术还会有定量的问题
9 n# F# |( _" n( c. f) d% a3 N如果想要发在好的杂志建议使用实时聚合酶链反应

cronos0910

* V8 ?4 u5 k: h: U! R' I8 C* L) o
你好; z. X/ D' j$ L% K, I8 r
. r4 z$ |2 V2 [! h
的ChIP的超声产物片段大小最好在300-500bp的间. x) z' p0 }! W9 Z7 {/ d
（普通PCR引子放大的片段最好简在100-300bp的，实时PCR的则为100-200bp）2 `" H" J$ I. {. z% d7 P
跑电泳时可看片段是否在那段范围间
3 U7 D" c( Q) @$ N7 _不同的样本要自己测试超声的条件
6 E. b8 H% s% \# Y4 j/ }2 l; p4 b# q! Z8 a
最后一步建议使用实时聚合酶链反应/ S6 a6 c" N" @1 s$ Q  q7 a
因为可以做近一步的定量% d4 m) S( z' K8 R4 _7 U
这样的ChIP的结果才比较给力
7 }' N/ p+ `2 |普通PCR技术还会有定量的问题9 V1 g; w! t+ q9 h* a9 Z
如果想要发在好的杂志建议使用实时聚合酶链反应

ndwzf

回复 cronos0910 的帖子. C. H' h/ F$ y3 S+ D; z+ H
. A9 Y5 r2 R5 m, r& a
您好！非常感谢您的指点。
" D4 k3 F/ E! E  Y( Q如果用实时PCR检测，那就要先做标准曲线，我的疑问是用什么样的模板来做标准曲线呢？

cronos0910

用超声后，免疫沉淀前的基因
  ]3 Z1 b$ T- V% [# J9 |然后用同样的引子做标准曲线