请教一个CHIP的问题 超声之后解交联的DNA能否用来扩增目的基因

深海鱼

如题，因为超声随机性，不能保证要扩增的目的基因片段仍保持完整，所以将超声后产物解交联，得到的DNA能否用于目的基因扩增？若扩不出来，是不是说明超声将目的基因打碎了就不用继续做了，因为做完那个片段仍是碎的 检测不出。
1 L, T- s. ~& u% Q! y请大侠指教，欢迎讨论~

深海鱼

自顶一个！; Y# o! ?7 W! T8 R
令大家都用什么盒子做CHIP，快用完了打算再买一个

不倒翁

不是这样的 你需要好好看一下CHIP的原理 DNA是随机打断的  但是你扩增的时候只扩增基因的某些部分 和real time 一样 只检测一部分 所以设计扩增引物的时候要看看有没有预测的结合位点 没有的话要尽量涵盖大部分片段

cronos0910

超声后产物解交联，得到的DNA可以进行PCR
* |8 I. }# m6 A) U. ?9 w" h7 h. D2 q$ ~5 b6 m5 _1 ^/ r' s) {
超声后产物建议你先做电泳来确定超声效率7 T% Y8 k, {* P
) @, w0 W0 `1 f; K. ?
你的的ChIP做不出来有几种可能的的问题( e& ]- g! j) v" A: m6 Z, V
" J; @1 ^! @( c% j6 R9 i4 g- {  r/ v5 T
第一个可能是因为你的目的基因并没有预期的结果
  e" d$ n( L/ i8 {, l. |0 u$ ?' I: Q" k: C3 T  @8 p/ w
第二个可能是你所用的细胞数不足
: u) O7 F# F8 B; D- J  Z4 `/ M
3 ?9 R' t  h  x$ o' U第三个试试看重新设计引子
( Z  d5 \: l7 I  m7 a' @
) u. [8 l5 ]% c, b" ]( N# R我用的盒子Millipore的Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Assay Kit

cneagle66

对于长片段应该会有影响吧。如果长片段被打断了，拷贝数不一样的标本，会不会受影响？

embryonic12

回复 cronos0910 的帖子( {+ H* I( P3 w. D/ C2 J% x: S* L2 H

# W' I5 e3 |$ _- b( y! Q您好!
' ^! l0 Z. @, d: ?/ t: F请教一下，如何通过超声后产物电泳来判断超声效率呢？
6 w: e( L% a8 T/ @% u  Y另外，最后一步PCR时用realtime 和普通的PCR区别大么？看到有人发帖说：“返回的审稿意见要求将普通PCR换为realtime”。但差了一些最近发的文章，不少还是普通PCR呀？
+ S; d: O: J" s& p1 Z7 K  V谢谢指点！

cronos0910

你好
" l9 c5 }7 a' E" i& K& L! u
3 w  H/ [% r+ U; A/ [* n的ChIP的超声产物片段大小最好在300-500bp的间
2 n5 @: b9 l" F8 e! u1 |* j（普通PCR扩增引子工程学系放大的片段最好简在100-300bp的，实时PCR的则为100-200bp）) p# Z) ~. R7 j4 e0 s
跑电泳时可看片段是否在那段范围间/ T1 U* O4 [1 k/ l6 C
不同的样本要自己测试超声的条件
! k0 g# h" z4 C1 L) w8 s% {
. y6 F3 {1 ]# e3 R2 s最后一步建议使用实时聚合酶链反应
  J$ Y6 _7 N6 B7 k5 I# m因为可以做近一步的定量
0 \' h8 s+ S* E5 J这样的ChIP的结果才比较给力! ^  ^+ A0 L2 w/ t5 [! N2 }
普通PCR技术还会有定量的问题
0 v: d0 N! [. ]8 k; E6 q  [( ^如果想要发在好的杂志建议使用实时聚合酶链反应

cronos0910

$ b/ W) d! y5 l1 Y9 v2 L. j9 M6 W你好. O) `2 S6 _& w

5 Y, f9 }: F7 V2 @的ChIP的超声产物片段大小最好在300-500bp的间7 u$ [, k2 P1 b
（普通PCR引子放大的片段最好简在100-300bp的，实时PCR的则为100-200bp）8 V5 Q; B$ z, N
跑电泳时可看片段是否在那段范围间
& O; B6 |4 a) J) N7 _5 s不同的样本要自己测试超声的条件
0 X8 P4 Z4 t0 V0 O) [" Y: V3 I
5 @2 D! l1 B+ [% e- p最后一步建议使用实时聚合酶链反应
/ b: W( m) U4 w' H; j因为可以做近一步的定量) n0 s$ l* d$ [3 j9 U1 M: j
这样的ChIP的结果才比较给力
. i- N" ~+ D# r. h普通PCR技术还会有定量的问题4 f8 P! k1 Z6 H3 w
如果想要发在好的杂志建议使用实时聚合酶链反应

ndwzf

回复 cronos0910 的帖子% `' N% O. M: e$ {$ w8 J- @/ `
" b0 Z" G6 ~( Q( D$ B
您好！非常感谢您的指点。' ^/ `  ^. C: k6 u/ |$ K
如果用实时PCR检测，那就要先做标准曲线，我的疑问是用什么样的模板来做标准曲线呢？

cronos0910

用超声后，免疫沉淀前的基因$ [6 O6 S5 a/ A+ _1 T
然后用同样的引子做标准曲线