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楼主: ying
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[请教] PCR搞不定了,丢脸啊~请各位高人指教!     [复制链接]

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楼主
发表于 2012-3-25 01:42 |显示全部帖子 |倒序浏览 |打印
这货叫做CAG promoter,俺是以质粒为模板P的,确定质粒是好的。序列如下:
( ^7 H8 Y" \9 o) Q/ G! W" I+ lattgattattgactagttattaatagtaatcaattacggggtcattagttcatagcccatatatggagttccgcgttacataacttacggtaaatggcccgcctggctgaccgcccaacgacccccgcccattgacgtcaataatgacgtatgttcccatagtaacgccaatagggactttccattgacgtcaatgggtggactatttacggtaaactgcccacttggcagtacatcaagtgtatcatatgccaagtacgccccctattgacgtcaatgacggtaaatggcccgcctggcattatgcccagtacatgaccttatgggactttcctacttggcagtacatctacgtattagtcatcgctattaccatgggtcgaggtgagccccacgttctgcttcactctccccatctcccccccctccccacccccaattttgtatttatttattttttaattattttgtgcagcgatgggggcggggggggggggggcgcgcgccaggcggggcggggcggggcgaggggcggggcggggcgaggcggagaggtgcggcggcagccaatcagagcggcgcgctccgaaagtttccttttatggcgaggcggcggcggcggcggccctataaaaagcgaagcgcgcggcgggcgggagtcgctgcgttgccttcgccccgtgccccgctccgcgccgcctcgcgccgcccgccccggctctgactgaccgcgttactcccacaggtgagcgggcgggacggcccttctcctccgggctgtaattagcgcttggtttaatgacggctcgtttcttttctgtggctgcgtgaaagccttaaagggctccgggagggccctttgtgcgggggggagcggctcggggggtgcgtgcgtgtgtgtgtgcgtggggagcgccgcgtgcggcccgcgctgcccggcggctgtgagcgctgcgggcgcggcgcggggctttgtgcgctccgcgtgtgcgcgaggggagcgcggccgggggcggtgccccgcggtgcgggggggctgcgaggggaacaaaggctgcgtgcggggtgtgtgcgtgggggggtgagcagggggtgtgggcgcggcggtcgggctgtaacccccccctgcacccccctccccgagttgctgagcacggcccggcttcgggtgcggggctccgtgcggggcgtggcgcggggctcgccgtgccgggcggggggtggcggcaggtgggggtgccgggcggggcggggccgcctcgggccggggagggctcgggggaggggcgcggcggccccggagcgccggcggctgtcgaggcgcggcgagccgcagccattgccttttatggtaatcgtgcgagagggcgcagggacttcctttgtcccaaatctggcggagccgaaatctgggaggcgccgccgcaccccctctagcgggcgcgggcgaagcggtgcggcgccggcaggaaggaaatgggcggggagggccttcgtgcgtcgccgcgccgccgtccccttctccatctccagcctcggggctgccgcagggggacggctgccttcgggggggacggggcagggcggggttcggcttctggcgtgtgaccggcggctctagagcctctgctaaccatgttcatgccttcttctttttcctacagctcctgggcaacgtgctggttattgtgctgtctcatcattttggcaaa
" x7 A2 t) t. K1 D引物:$ j1 N: U$ d8 e% l$ H' J# `& e
F:attgattattgactagttattaatag
8 D9 b* N& o, Q0 S9 w3 Q' y+ BR:tttgccaaaatgatgagacagcac
0 \- }! {7 |. x; H8 w$ l  K# WKOD-Plus的标准反应体系。56度和68度退火都试过。干干净净没任何带,只有前沿有个引物的影子。平行P的别的样品都是好的,说明体系本身东西都是好用的。' [9 L7 z- R5 a- {0 W0 q( y9 Q
我强烈怀疑是由于CG太高导致的。虽然总体CG只有66%,但局部有些超过了90%。我对P高CG没有经验。据说是加DMSO,或者提高Mg,或者提高退火温度or解链时间,或者用一个叫slow down的特殊方法。总之“或者”太多而我的精力太少。鄙人这辈子做的克隆没有200个也有100多个了,没想到居然今天连个质粒上的序列都P不下来。暂时懒得摸条件了,借用宝地问问高手。
9 T$ Q( z; U: v% a9 T, @
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沙发
发表于 2012-3-25 14:47 |显示全部帖子
我是从质粒P,不是从基因组。要克隆到另一个载体上的。位置都定好了不能换的,引物只能这样,引物就是最两端的序列。没法换引物,只能改变其长度。我的引物其CG比例都正常的。
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藤椅
发表于 2012-3-25 14:50 |显示全部帖子
回复 hndxws 的帖子
, L1 b* C  w+ }3 D/ A2 k
: l! [0 q. m. U* o* S$ A非常感谢!另外感谢楼上诸位!我想我先按照楼上试试,搞不定再换引物吧~毕竟订引物比较麻烦,手边能作的努力先试试。

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板凳
发表于 2012-3-26 21:31 |显示全部帖子
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回复 hndxws 的帖子
% }# l. M5 q5 d6 |- I6 a, R: l- l- [
多谢这位大神,至少现在我自己看来,可能此大神的话真的是对的。鄙人教训果然长了不少我摸了DMSO梯度,退火温度梯度,Mg梯度,还换了个invitrogen的高CG酶,果然都不行。条带我就不献丑了。我马上订引物,做完再向大家汇报!

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报纸
发表于 2012-3-26 21:33 |显示全部帖子
回复 sj03572001 的帖子
. N& }. E, L# x, M9 I1 u: F
: X. Z0 b( |  M7 K/ B# Y6 ?此酶我们实验室还真有,可惜找遍冰箱,酶确实找到了,还不少,就是没有buffer。汗~

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地板
发表于 2012-3-26 21:39 |显示全部帖子
回复 hndxws 的帖子3 _; T+ U5 m. \. u+ B& S$ ]* Z: J+ K
9 o  d5 V) l2 Q) u7 P/ {
忽然想起了我当年的亲师父给我的Tm简单估计的软件(网页版),自从他毕业了我就自以为有经验了,就忘了他的宝典~今天算了算,果然只有41度多点儿啊~惭愧惭愧!被CG搞花了眼,搞错了主要矛盾啊~
! L( O; P' z7 f5 a不过话说,有人用36度退火么~俺去试试~ 但估计也不行,这回就该CG捣乱了~不管了,试试再向大家汇报,当然,引物先订出去~

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发表于 2012-3-26 22:31 |显示全部帖子
回复 sykbod 的帖子- X8 \; J% a" i. {: ]) y( u3 G

1 p5 v5 F  O, ]引物已订。非常感谢您的热心帮助!

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发表于 2012-3-29 12:41 |显示全部帖子
订了个长引物,同时用KOD-plus和KOD-FX,结果只有KOD-FX得到了条带。估计一开始是因为引物太短,之后是因为KOD-Plus的体系仍然不能扩增这种高CG的序列。终于得到了。哎呀~疑似软广告了啊~
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