如果引物中间有3个碱基不配对的，还可以扩出来吗

crystal_xjw

如题，请指教。

cellman

我们在做PCR时，有时也会发生碱基错配，像你说的这种情况发生了的话就相当于碱基错配，但扩出目的片段的效率会很低。不知道你设计的引物中间怎么会有3个碱基不配对呢？在设计引物时，除了加的酶切位点和保护碱基外，其它碱基都应该和目的基因严格配对啊。

weiyepan

看你引物有多长，不匹配的地方在哪一端，如果在不匹配的在5‘端，而你匹配的位置都在3’端而且Tm值足够高的话，完全可以扩出来。PCR引入点突变就这么做的。

yangxiao1989

你P一下不就知道了么。 好奇为什么要设计3个不配对的碱基？

lxm5668

哥们，是做点突变吧？如果是点突变的话，我可以分享一下：我做过连续两个位点突变的，挺成功。
7 ^  Y: e/ i) D7 m- d. b  j8 k1.注意引物的长度在30bp左右；
0 ~  J4 B/ n; l1 s- Z0 M1 o7 ]. u2.突变位点在中间偏后，也就是稍靠近5‘端;
4 a% m" o& d* k! ^3.不要用高保真的酶，普通的酶就行。

crystal_xjw

回复 cellman 的帖子
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做突变之用，谢谢您。

crystal_xjw

回复 lxm5668 的帖子$ k5 m: d% p) m$ }

4 b+ l) [/ q6 O8 U9 C& b0 }受教，感谢哈。